Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,670,015 | C→G | 6.0% | H147Q (CAC→CAG) | metF → | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,670,015 | 0 | C | G | 6.0% | 398.0 / 12.5 | 125 | H147Q (CAC→CAG) | metF | 5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/61); new base G (3/5); total (59/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TGCTGGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCTACTTCTACTTCGTC > NC_002947/5669867‑5670162 | tgctgGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAcc > 2:1176682/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAcc > 2:1900324/1‑150 (MQ=255) gctgGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCt < 1:175553/150‑1 (MQ=255) ctgGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTg < 1:1176682/150‑1 (MQ=255) gCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTg < 2:907971/147‑1 (MQ=255) gCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTg > 1:907971/1‑147 (MQ=255) cGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGt < 1:1513717/150‑1 (MQ=255) gAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTg < 1:1956274/150‑1 (MQ=255) aGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAGGTGGAAGTga < 1:2074996/150‑2 (MQ=255) tACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCt < 2:103287/150‑1 (MQ=255) tACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGGGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCt > 1:166788/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAGGTGGAAGTgatcag < 1:686727/150‑6 (MQ=255) cAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGc < 1:468778/150‑1 (MQ=255) aaGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGcc > 2:1799909/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGcc > 1:399522/1‑150 (MQ=255) aGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCt > 1:263268/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAGGTGGAAGTgatca > 1:2142555/1‑141 (MQ=255) gCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAGGTGGAAGTgatca < 2:2146646/145‑5 (MQ=255) 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gCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGaaa < 2:1441587/150‑1 (MQ=255) gCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGaaa < 2:1530714/150‑1 (MQ=255) aTCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGc < 1:2341368/137‑1 (MQ=255) aTCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGc > 2:2341368/1‑137 (MQ=255) cAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCa < 2:399522/150‑1 (MQ=255) aaaCGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCAGGTGGAAGTgatca > 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tCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCa > 2:852011/1‑150 (MQ=255) gcgAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCACGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACg < 2:651795/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGct < 1:1380898/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCACAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGct < 2:2268841/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGctacttct > 1:1087176/1‑150 (MQ=255) tCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCaa > 1:697324/1‑132 (MQ=255) tCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCaa < 2:697324/132‑1 (MQ=255) cTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTtgtg < 2:477925/79‑1 (MQ=255) cTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTtgtg > 1:477925/1‑79 (MQ=255) ttCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGcc < 2:1376765/132‑1 (MQ=255) ttCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCtacttctacttc > 1:8426/1‑150 (MQ=255) ttCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCtacttctacttc > 2:754660/1‑150 (MQ=255) ttCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCtacttctacttc > 2:1140957/1‑150 (MQ=255) ccACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCTACTTCTACTtcgt < 1:1976644/150‑1 (MQ=255) cgccTGGAAGTGACTGCCTACCCGGAAAGGCACCCGCGGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACGAGGTCAACGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCCACGCCGACAGCTACTTCTACTtcgtc < 2:1328332/148‑1 (MQ=255) | TGCTGGCCGAGTACAAGGCAGCCGGCATCAAACGCATTGTCGCGCTGCGTGGTGACCTGCCGTCGGGCATGGGCATGGCCAGTGGTGAACTGCGCTATGCCAGTGACCTGGTCGAGTTCATCCGCGAGGAGACCGCTGATCACTTCCACCTGGAAGTGGCTGCCTACCCGGAAATGCACCCGCAGGCGCGCAACTTCGAGGCGGATCTGGCCAACTTTGTGCACAAGGTCAAGGCCGGTGCCGACAGCGCCATCACCCAGTACTTCTTCAACGCCGACAGCTACTTCTACTTCGTC > NC_002947/5669867‑5670162 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |