| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,741,564 | 0 | A | T | 8.7% | 363.8 / 21.3 | 126 | intergenic (‑179/+49) | PP_5038/PP_5039 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/51); new base T (7/4); total (71/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTGCAGTGACCTTCGACGTGAAAATCCCTCCCAGGTTCCCTGCCCCACCCCCTATGTCCCTACACCATTGGTCGGATGGCCACTACTGTGCGATTAATCACAAAGCATTAATCATGCGCCCAATAAAAAAGGCCGCCCCCAATGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGCCTGCACAGCAGGCCCCTTGGGCCTCAGAACCGGGACCCAGGCTCCAGCAAAAAGTCCATCTCTTCGCTGGTGCTCGGCCGCTCCAGCACCAGGTTGCGGTGCGGGAAGCGCCCGAAGCGGGCAA > NC_002947/5741423‑5741713 | cTGCAGTGACCTTCGACGTGAAAATCCCTCCCAGGTTCCCTGCCCCACCCCCTATGTCCCTACACCATTGGTCGGATGGCCACTACTGTGCGATTAATCACAAAGCATTAATCATGCGCCCAATAAAAAAGGCCGCCCCCAATGGGAGCg < 2:919421/150‑1 (MQ=255) gCAGTGACATTCGACGTGAAAACCACGCAGAGGTGCCCGTCCCCACCCCCTATGTCCCTACACCATTGGTGGAATGGCCACTACTGTGTGATTAATCACAAAGCATTAATCATGCGCCCAATAAAAAAGGCCGCCCCCAATGGGAGCGGc < 1:1001049/150‑1 (MQ=255) cAGTGACCTTCGACGTGAAAATCCCTCCCAGGTTCCCTGCCCCACCCCCTATGTCCCTACACCATTGGTCGGATGGCCACTACTGTGCGATTAATCACAAAGCATTAATCATGCGCCCAATAAAAAAGGCCGCCCCCAATGGGAGCGGcc > 2:719490/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/5741423‑5741713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |