| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 498,056 | G→T | 7.1% | S642I (AGC→ATC) | PP_0409 → | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 498,056 | 0 | G | T | 7.1% | 248.6 / 4.3 | 79 | S642I (AGC→ATC) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/37); new base T (3/3); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGCAAATCCCCTGTCTGGTGC > NC_002947/497908‑498205 | gagaGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGc < 2:2047210/150‑1 (MQ=255) ggcgtgcgtGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt < 2:228022/149‑2 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttc < 1:2238898/148‑3 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttc > 2:2238898/1‑146 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg < 1:1785302/143‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg > 2:1785302/1‑143 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGaaa < 1:1085252/150‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGaaa > 1:282597/1‑150 (MQ=255) cgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGc < 2:282597/150‑1 (MQ=255) aaGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGa < 2:1333937/150‑1 (MQ=255) agGAAAAAGCCCGTACCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGCTGCTGACCGTGCTCAAGCTGGACGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGCGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAGAAGCCTGCTCg > 2:728492/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc > 1:631350/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc < 1:1941653/150‑1 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc > 1:1191048/1‑150 (MQ=255) aaaacGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc < 1:829339/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑a < 2:1938582/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg < 2:2322756/126‑1 (MQ=255) aGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg > 1:2322756/1‑126 (MQ=255) ccGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt > 1:2175522/1‑150 (MQ=255) ccGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCCCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt > 1:1753004/1‑150 (MQ=255) cGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTc < 1:1129237/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCAGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGCGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GCCCCTGGTCTGCACGCACGACCGCCATTCATTAAACTCCTGATCTCCC‑AGTTGTTCCAg > 2:23780/2‑150 (MQ=255) tCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGt < 1:2149476/150‑1 (MQ=255) cGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGtt < 2:872684/150‑1 (MQ=255) 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gAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTAcgc > 2:121968/1‑150 (MQ=255) gTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt < 1:825574/150‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGAGATCAAAACC‑GAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGt > 1:1970757/1‑150 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGCTGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTc < 1:121968/150‑1 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt < 1:2318188/147‑1 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt > 2:2318188/1‑147 (MQ=255) atgatgAACTGGGGCAGATGCTGACTGCCAACAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCg > 1:1244520/1‑150 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt > 1:1255054/1‑129 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt < 2:1255054/129‑1 (MQ=255) gatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGCTCGCCC‑AGTTGTTCCAGGTGGTACGCGAGGTCGcc > 1:812492/1‑150 (MQ=255) tGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt < 1:1320025/98‑2 (MQ=255) tGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt > 2:1320025/1‑97 (MQ=255) ggggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc < 1:1593087/113‑1 (MQ=255) ggggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc > 2:1593087/1‑113 (MQ=255) ggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGc < 1:728492/150‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑a > 1:1451107/1‑111 (MQ=255) gCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑a < 2:1451107/111‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |