| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,743,903 | A→C | 5.5% | L673R (CTC→CGC) | glgP ← | glycogen phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,743,903 | 0 | A | C | 5.5% | 361.9 / 11.2 | 128 | L673R (CTC→CGC) | glgP | glycogen phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/56); new base C (4/3); total (69/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGGAAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCC > NC_002947/5743754‑5744051 | ggAAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGTCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAg > 1:190249/1‑150 (MQ=255) gAAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCACACCGCTCCTGATAGATGTCAAATATC‑AACATGTTTTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCCCGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAgc < 1:2387591/150‑1 (MQ=255) ggCTATGGCATCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCAcc > 1:1541452/1‑150 (MQ=255) gCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCa > 2:1991073/1‑150 (MQ=255) cTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCAt < 2:734273/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACTCTTGCTCACTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGa < 2:2336759/150‑1 (MQ=255) tGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGCGCTCACCATTgg < 1:1099180/150‑2 (MQ=255) gcagcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAgg < 1:1722449/150‑1 (MQ=255) gcagcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGACGGCCCCCACCTGTTGGCACATCTCCACACCGGCCCCATCAACCGCGGCAATGTTGGGCGCACAATTTAgg > 2:1098833/1‑150 (MQ=255) cagcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGGGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGc > 1:22602/1‑150 (MQ=255) agcaTTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGcc > 2:1346310/1‑150 (MQ=255) ccAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCCACCTGCTGCGATTTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATg < 2:190371/150‑1 (MQ=255) ccAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATg > 2:1724462/1‑150 (MQ=255) aTCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCt < 2:1541452/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAgc > 1:974374/1‑120 (MQ=255) tCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAgc < 2:974374/120‑1 (MQ=255) tCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTg > 2:350606/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTg > 1:715244/1‑150 (MQ=255) aCCGCCACGCTTGCGCGCTTCAACATGCTGCGAGGGCAGACCGAAGGTG‑GACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGt > 1:461247/1‑150 (MQ=255) ggCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTAcc > 1:247062/1‑150 (MQ=255) gCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAAGTACGGTGAAA‑ATGTAATATGTTGTCGGCTCCCACCTGTTAGCACGTCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCg < 1:2377591/150‑1 (MQ=255) aCGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGc < 1:2075241/140‑1 (MQ=255) aCGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGa > 1:394515/1‑150 (MQ=255) gCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTg > 1:825387/1‑140 (MQ=255) gcgcgcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCTCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTc < 2:1295552/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCAAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTc < 2:557882/150‑1 (MQ=255) gcgcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGt < 2:2083542/150‑1 (MQ=255) gcTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCAACGTTGGCTCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTaa < 1:289990/150‑1 (MQ=255) ttCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAAcc > 2:529492/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCcgc > 1:2114842/1‑150 (MQ=255) gctgcGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTgg < 1:2065469/150‑1 (MQ=255) gctgcGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTgg < 2:1618381/150‑1 (MQ=255) tgcGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGat > 2:2309403/1‑150 (MQ=255) aGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCt < 2:2114842/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGc > 2:776660/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTGCGTAACCCGCGGTGGATAgctgct > 1:104929/1‑150 (MQ=255) cAGGCCAAAGATG‑AACGTGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTc < 2:1218741/150‑1 (MQ=255) aGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCg > 2:1428742/1‑150 (MQ=255) ggCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCgg > 1:580606/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTgg < 1:2280378/150‑1 (MQ=255) gcCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGt < 1:2398915/81‑1 (MQ=255) gcCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAg < 1:1955512/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAggca < 2:1566119/150‑3 (MQ=255) aTCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGaa > 1:1725257/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAac > 1:56829/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAac < 1:1724462/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCgg > 1:848034/1‑119 (MQ=255) cAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCgg < 2:848034/119‑1 (MQ=255) cAGGGTGCCAATGGTGAGCGCAACATTGAGGCCGAACTTCATATTGCTGGTAACGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATATGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAacac > 2:1040864/1‑150 (MQ=255) aGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAAcacc < 1:1402975/150‑1 (MQ=255) ggcctcAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCtctc < 2:795139/109‑1 (MQ=255) gTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACaccacc < 1:1428742/150‑1 (MQ=255) ctcAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCtt > 2:2078060/3‑150 (MQ=255) tcAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGGTGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGtt > 2:1185439/2‑131 (MQ=255) tcAATGGTGCGCTCACCATTGAGGCACTACCGGATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTc > 1:1024594/2‑150 (MQ=255) tgttGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTcagca < 2:368478/147‑1 (MQ=255) tGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAATCTTCGTGACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGGGGGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGc < 1:1345882/150‑1 (MQ=255) gAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGcc > 2:968906/1‑150 (MQ=255) | TGGAAGCGGCTATGGCAGCATTGGCGCCAAAATCACCGGCACGCTTGCGCGCTTCAACCTGCTGCGAGGTCAGGCCAAAGATG‑AACATGTTGTCGGCCCCCACCTGTTCGCACATCTCCACGTTGGCGCCATCCAGGGTGCCAATGGTGAGCGCACCATTGAGGCCGAACTTCATGTTGCTGGTACCGGAAGCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCC > NC_002947/5743754‑5744051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |