Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,756,591 | A→T | 5.8% | intergenic (+212/‑476) | glnG → / → PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,756,591 | 0 | A | T | 5.8% | 283.0 / 7.9 | 107 | intergenic (+212/‑476) | glnG/PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/44); new base T (2/4); total (56/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CACAGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACG > NC_002947/5756445‑5756740 | cacaGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAcc > 2:67053/1‑150 (MQ=255) cacaGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAcc > 1:49161/1‑150 (MQ=255) cacaGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAcc > 1:1717403/1‑150 (MQ=255) cacaGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTACCGCCACCGTATTCGCGTGTAAAcc > 2:687483/1‑150 (MQ=255) acaGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 2:1284809/150‑1 (MQ=255) aGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGTGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCcgc > 1:1359954/1‑150 (MQ=255) aGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCcgc < 2:756191/150‑1 (MQ=255) aGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCAGTGCTTCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCcgc > 2:562832/1‑150 (MQ=255) cACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTTACCcgcgaata < 1:1273602/150‑5 (MQ=255) cccTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTTACCcgcgaatac < 1:2404366/149‑6 (MQ=255) aCCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTAc < 1:1166963/150‑1 (MQ=255) tctGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCcgc > 2:1649875/1‑141 (MQ=255) tctGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCcgc < 1:1649875/141‑1 (MQ=255) tctGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAc > 2:1681395/1‑150 (MQ=255) tctGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAc > 1:2355409/1‑150 (MQ=255) cccccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAcggcg < 1:266483/150‑1 (MQ=255) cccccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAcggcg > 1:2293681/1‑150 (MQ=255) ccccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAcggcgg > 2:2087958/1‑150 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTTACCcgcgaatacg > 2:1146663/1‑136 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTTACCcgcgaatacg < 1:1146663/142‑7 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAc < 1:1612000/131‑1 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAc > 2:1612000/1‑131 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGt > 1:2146653/1‑150 (MQ=255) cccAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGt < 2:2013808/150‑1 (MQ=255) cgaatacggtggtggcggcaacgctgaacggcaggtggagattggccagcaggcccggcctcttcgcgggtgaacccgctcctacgacgaccgcgatgtgtgtccaC‑GCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaccacggcgtgga > 1:2014541‑M1/107‑146 (MQ=255) taaGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCCCCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTgg < 2:1125883/149‑1 (MQ=255) cAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCTGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTgg < 1:2314053/150‑1 (MQ=255) aaGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTggg < 1:67053/150‑1 (MQ=255) ggCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGca < 1:2211129/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGATGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACatat > 1:2016887/1‑150 (MQ=255) gACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACCTACCGGGgtcg > 1:553833/1‑150 (MQ=255) gACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCACCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGgtcg < 1:1056887/150‑1 (MQ=255) cacacaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGgtcgtc < 1:327690/150‑1 (MQ=255) acacaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATc > 1:192230/1‑140 (MQ=255) acacaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATc < 2:192230/140‑1 (MQ=255) acacaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGtcgtcg > 1:974529/1‑150 (MQ=255) acaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 2:1086930/107‑1 (MQ=255) acaTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa > 1:1086930/1‑107 (MQ=255) caTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGTGTCGTCGTAg < 2:477860/150‑1 (MQ=255) caTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAg < 1:384404/150‑1 (MQ=255) caTCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAg > 1:2050992/1‑150 (MQ=255) ggcaggtggagattggccagcaggcgcggcctcttcgcgggtgaacccgctcctacgacgaccccgatatgtgcccaCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGt > 2:2096646‑M1/78‑120 (MQ=255) ggcaggtggagattggccagcaggcgcggcctcttcgcgggtgaacccgctcctacgacgaccccgatatgtgcccaCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGt < 1:2096646‑M1/43‑1 (MQ=255) gtcgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCggg < 2:49161/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCACTCCCCACCTGCCGCTCACCGTCGCTGCCCCCACCGTATTCGCACCTGGTCTGTGTGCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGt < 1:1356410/150‑1 (MQ=17) tcgtcgTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGt < 1:1470897/150‑1 (MQ=255) gtcgtAGGAGCTGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTc < 2:2016887/150‑1 (MQ=255) gtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCCCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCAcc < 1:562832/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:1166021/89‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa > 2:1166021/1‑89 (MQ=255) gCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:1468290/150‑1 (MQ=255) gggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAaga < 1:1546479/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAgg < 2:2050992/150‑1 (MQ=255) tttaCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa < 1:830424/79‑1 (MQ=255) tttaCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaaa > 2:830424/4‑82 (MQ=255) tCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAACCTCCACCTGCCGTCCACCGTTGCTGCCGCCACCGTCTCCGCGGGTACACCCGCGCCTACCACGGCCGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGcc < 1:1358412/150‑1 (MQ=17) ccGCGAGGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCCCCCCCCGCCGGTCCCCTTGGCTGCCCCCCCCGTATCCCCGAGTTCACCCGCGCCTGCCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgcgc < 1:1277891/150‑1 (MQ=17) ccGCGACAATGCTGGGGCTGCCGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgcgc < 2:1996492/150‑1 (MQ=17) ccGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCAccc < 1:657206/135‑1 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCAccc > 2:657206/1‑135 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgcgc > 2:1925496/1‑150 (MQ=255) ggacagtgCCGGGCCTGCTGGGCCATCCCCCGCTGCCGTTCACCCTTGCTGCCCGCACCGTATGCGCGGCTCAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCCTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCctg < 2:829070/143‑1 (MQ=17) gAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCACCTACCGCGGCGCGTGGCAGATAACGGGGTCGTCGCATGAGCAGGTTCCCCCGGGAACCGGCCGCGCctaa > 2:1038008/1‑148 (MQ=17) ttcgcgggtgaacccgctcctacgacgaccccgatatgtgcccaCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCggg < 2:1052583‑M1/57‑1 (MQ=255) ttcgcgggtgaacccgctcctacgacgaccccgatatgtgcccaCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCggg > 1:1052583‑M1/45‑101 (MQ=255) gCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTTACCcgc > 1:1055996/1‑72 (MQ=14) gCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGAGCTCAGAACGGCGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAGGAGGCCGCGCcggcggcccc > 2:971413/1‑144 (MQ=17) cGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCACCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAAt > 2:2300023/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGGCCAATCTCCACGTCCCGTCCACCGGTGCTGCCGCCACCGTATGCGCGAGTAAACCCGCGCCTGCCACGGCGGTGGGCACATATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAAtctc < 2:752156/150‑1 (MQ=14) gCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGGGGGCCCATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGATCACCCGCGAAGAGGCCGCTCCTGCTGGCCAAtctc > 2:1224141/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTcc < 1:1256365/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCgggg < 1:2029069/94‑1 (MQ=255) tgctgGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCgggg > 2:2029069/1‑94 (MQ=255) ccggCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCTCCGTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCt < 1:814520/148‑1 (MQ=255) tgGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCAACCTg > 1:203237/1‑150 (MQ=255) gCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 1:710464/57‑1 (MQ=255) gCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 2:710464/1‑57 (MQ=255) gCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGcc > 2:799531/1‑150 (MQ=255) cAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCgggg > 2:1878740/1‑87 (MQ=255) aaTCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACGCGAGCCCACCGCGGCGGGGAGCACAGAACGCGCTCGTGTTAGTCGCGGTGGCACCCGCAACATGACCGCACCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGtt > 2:1019325/1‑150 (MQ=9) tcCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCAc < 1:395393/138‑1 (MQ=255) ccACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCg > 2:2132417/1‑150 (MQ=255) ccACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCg > 1:2404851/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGGGGGCAGACTTCGGGGGCGTCGGAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCCCCACCTCCCGTCCAGCGTTgcc > 1:1680945/1‑150 (MQ=14) cGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTgccgcc < 1:1681395/150‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAcggcgg < 1:1066880/51‑1 (MQ=35) ccGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCAcggcgg > 2:1066880/1‑51 (MQ=38) cGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGGGGCCGCGGCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGGTCAGCGTTGGCGCCGCCACCg > 2:142803/1‑150 (MQ=255) gccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTcgc > 2:765929/1‑150 (MQ=255) CGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCgg > 1:799531‑M1/1‑150 (MQ=255) CGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACACGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCgg > 1:765929‑M1/1‑150 (MQ=255) CACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCCATCTCCACCTGCCGGTCAGCGTTGCCGCCGCCACCAAATTCGCGGGTa < 2:360064‑M1/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTGAACCCGCGCCGGCCACGGCGGTGGGCAATTGTGTGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:1309031/150‑1 (MQ=17) gcgGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGc < 2:2394629/112‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 1:485565/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 1:1925496/150‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAAtc > 2:264955/1‑91 (MQ=255) gTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAAtc < 1:264955/91‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGACGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcc > 2:1250657/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACg < 1:2132417/150‑1 (MQ=255) | CACAGGATCACCTCTGCCCCCAAGGCTGATGCGGTGGACACACATCGCGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACCACGGCGGTGGGCACATATCGGGGTCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGCGCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCACG > NC_002947/5756445‑5756740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |