| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,783,375 | C→G | 6.8% | V598V (GTC→GTG) | kefA → | intermediate mechanosensitive channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,783,375 | 0 | C | G | 6.8% | 391.9 / 15.1 | 127 | V598V (GTC→GTG) | kefA | intermediate mechanosensitive channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/60); new base G (5/4); total (62/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTGGCCTGGCGCTGTGCAGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCGTGGT > NC_002947/5783227‑5783524 | ttGGCCTGGCGCTGTACAGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTcc < 1:234361/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGTGCAGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTc > 1:2188974/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGTGCAGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTcc > 2:1375044/1‑150 (MQ=255) 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cTGTGCAGCTATGCCTTGCAGAGCGCTGATC‑CGATCATATTGTCCTACCTGGGCGCTGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTC‑GCGTGGCGGAAGTGGACTTCCGccac < 2:1203792/150‑4 (MQ=255) aGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACaaa > 1:547342/1‑150 (MQ=255) aGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACaaa > 1:80758/1‑150 (MQ=255) aGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACaaa > 2:2349435/1‑150 (MQ=255) cTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGGAATAACGTT‑TACACCGCCTACCGTATCCTCGCAGAACATGAACGCGG‑GGAATGCCACTTACGCTGGCACAAAcc > 1:2253152/1‑150 (MQ=255) ccTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAgg < 2:547342/150‑1 (MQ=255) ccTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAgg > 1:2241986/1‑150 (MQ=255) ttGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTc < 1:579781/150‑1 (MQ=255) ttGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTc > 1:1767269/1‑150 (MQ=255) ttGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTc > 2:201126/1‑150 (MQ=255) 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gCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGt < 1:1097902/150‑1 (MQ=255) gCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGt < 1:2349435/150‑1 (MQ=255) cAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGtt < 2:80758/150‑1 (MQ=255) aaaaCG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTc > 2:1795319/1‑150 (MQ=255) aaCG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTcgc > 1:840190/1‑150 (MQ=255) 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aCCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCgg < 2:1439744/150‑1 (MQ=255) ccGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCAc > 1:2405364/1‑110 (MQ=255) ccGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTggtggcg > 1:1035306/1‑127 (MQ=255) ccGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGa < 1:1818200/135‑1 (MQ=255) ccGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACCTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGa > 2:1818200/1‑135 (MQ=255) tATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCa > 1:1500670/1‑148 (MQ=255) aTCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTg < 1:2006786/150‑1 (MQ=255) cTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTc > 2:2397887/1‑140 (MQ=255) cTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTc < 1:2397887/140‑1 (MQ=255) tCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAg > 1:1051876/1‑150 (MQ=255) tCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAg > 2:1665354/1‑150 (MQ=255) tCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAg > 2:1572914/1‑150 (MQ=255) gCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAgac < 1:681742/150‑1 (MQ=255) gCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAgac < 1:1903841/150‑1 (MQ=255) ccGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGacgacg > 2:1266371/1‑150 (MQ=255) g‑gcgtggcgGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGCTTCCCCTCCGGGGCCCTATGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTg < 1:766217/150‑1 (MQ=255) gcgtggcgGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTgg < 1:528543/150‑1 (MQ=255) gtggcgGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGc > 1:1963964/1‑150 (MQ=255) gAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGc < 1:1511566/150‑1 (MQ=255) gTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTgg > 2:2350825/1‑124 (MQ=255) gTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCgtg > 1:1444559/1‑150 (MQ=255) ccACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCg < 2:2390003/115‑1 (MQ=255) ccACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCg > 1:2390003/1‑115 (MQ=255) ccACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCgtggt > 1:345429/1‑150 (MQ=255) | TTGGCCTGGCGCTGTGCAGCTATGCCTTGCAGATCGATGCTCGCGGGCAAAACG‑CCAACCTGGGCGCCGCACTCTGGCAGCTGGCCCAGGCCTGG‑CTGGTGTTCTACACCGCCTACCGTATCCTCGCACCCGGTG‑GCGTGGCGGAAGTCCACTTCCGCTGGCACAAACCGCAGGTCGAGTTCCTGCGCGGCTGGGTTCGCCGCCTGGGCACTGTGGTGCTGGCACTGGTCGGCGTGGTGGCGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCGTGGT > NC_002947/5783227‑5783524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |