| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,076,147 | G→T | 5.2% | G157G (GGC→GGA) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,076,147 | 0 | G | T | 5.2% | 409.9 / 4.5 | 128 | G157G (GGC→GGA) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/66); new base T (3/4); total (58/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTGACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCC > NC_002947/6076004‑6076294 | ttgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTg < 1:1645454/150‑1 (MQ=255)ttgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTC‑CCGATGTACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTg < 1:1947302/150‑1 (MQ=255) tgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGAAGGTGCTCTTGGGGCTGGGCTCGGAAACCAGCGCCTGTCCATTgg > 2:1722675/1‑150 (MQ=255) gCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAg < 1:1622235/150‑1 (MQ=255) tGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGc > 1:407383/1‑150 (MQ=255) aCGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGTCCAATGGCCAGGcgc < 1:250400/150‑3 (MQ=255) cGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTAAACATGTGGGGAGAGTGAAAAACCATCGCCTGGCCATTGGACAGGccaa > 2:1592014/1‑148 (MQ=255) gTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTATTCTTGTAGTCCGGGTAGGTCATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGTCCAATGGCCAGGcgctg < 2:1327500/150‑5 (MQ=255) tGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGc < 1:485996/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATTTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcacca > 2:566247/1‑150 (MQ=255) cAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac > 1:731847/1‑150 (MQ=255) cAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac > 1:1848370/1‑150 (MQ=255) gcACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTCTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCCCCACCAgc > 2:468524/1‑150 (MQ=255) 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gTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATc < 1:566247/150‑1 (MQ=255) ggTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACCGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaa < 1:125129/150‑1 (MQ=255) cTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGaca > 2:1294575/1‑112 (MQ=255) tGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCGCGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAAt > 1:2045063/1‑150 (MQ=255) tGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAAt > 1:1293662/1‑150 (MQ=255) tGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGGACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGcc < 2:470553/93‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACAACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTgg > 2:293618/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTGGCCATTGGTCATGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTc < 1:2369207/99‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTc > 2:2369207/1‑99 (MQ=255) gggcCTGTCCAATGGCCAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaa > 2:853888/3‑133 (MQ=255) gggcCTGTCCAATGGCCAGGCCAAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaa < 1:853888/131‑1 (MQ=255) cgcCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCtt < 2:188554/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTc > 1:474494/1‑150 (MQ=255) tGGCGATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTcc < 2:1848370/150‑1 (MQ=255) | TTGACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGA‑GCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCC > NC_002947/6076004‑6076294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |