Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 72,283 | T→A | 5.1% | D189V (GAC→GTC) | glyQ ← | glycine‑tRNA ligase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 72,283 | 0 | T | A | 5.1% | 349.6 / 6.7 | 117 | D189V (GAC→GTC) | glyQ | glycine‑tRNA ligase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/50); new base A (3/3); total (64/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CCAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCATGCCGTT > NC_002947/72134‑72431 | ccAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGt > 1:1307106/1‑150 (MQ=255) tttGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCTTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCgga < 1:83447/149‑2 (MQ=255) cTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGc < 1:737304/150‑1 (MQ=255) 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1:440846/66‑1 (MQ=255) cTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGTGAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGt > 1:2380694/1‑150 (MQ=255) ttGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTg > 1:1778890/1‑150 (MQ=255) tGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGCCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGGAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGCTGAACTGGGtca > 2:834861/1‑148 (MQ=255) tggtgtgggCCGACGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACt > 1:1762853/7‑150 (MQ=255) gtgtgggCCGACGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATgcc < 1:488438/110‑1 (MQ=255) gtgtgggCCGACGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATgcc > 2:488438/5‑114 (MQ=255) gAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGTTGACTTc < 2:2340041/150‑1 (MQ=255) aaCGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTcc > 1:838055/1‑150 (MQ=255) tgggCCGACGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCAt < 2:1762853/149‑1 (MQ=255) gggCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCATg < 2:2245927/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTgg < 1:2094160/136‑1 (MQ=255) cGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCATGCCGt < 2:722515/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCATGCCGtt < 2:908542/150‑1 (MQ=255) | CCAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGACTTCCATGCCGTT > NC_002947/72134‑72431 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |