Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,125,923 | A→C | 5.7% | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,125,923 | 0 | A | C | 5.7% | 347.3 / 9.2 | 122 | Q221P (CAG→CCG) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/49); new base C (3/4); total (69/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTGG > NC_002947/6125774‑6126072 | cATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCa > 1:1897709/1‑150 (MQ=255) gcgcTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGgt < 2:1747236/150‑1 (MQ=255) gcgcGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGgtg‑t < 2:608543/147‑1 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATAAGTGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑ttt > 1:1144547/1‑150 (MQ=255) taTCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATAGGCAACATGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGa > 1:1133034/2‑150 (MQ=255) gATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGa > 2:1361186/1‑150 (MQ=255) aTCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGAc > 1:1984766/1‑150 (MQ=255) tCCTTTGCCCTCTGATTGGTGAGCCCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTCGCCGGGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTG‑ttcattt < 1:635729/150‑6 (MQ=255) tCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑ttt > 1:296223/1‑146 (MQ=255) tCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑ttt < 2:296223/146‑1 (MQ=255) ccTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCt < 1:369532/150‑1 (MQ=255) cTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTg > 2:1681805/1‑150 (MQ=255) tttACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGc < 2:1042248/150‑1 (MQ=255) tttACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGc > 2:1006833/1‑150 (MQ=255) tttACCCGATGATTGGATCGCTGATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCTTTCGGTGTATCCGAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGc < 2:1133034/150‑1 (MQ=255) cccGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑tt > 2:470774/1‑138 (MQ=255) ccGATGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGAAATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCACAGTAGCTGGGACTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCAAGGAG‑TTTGACCTGcaaatc > 2:2334743/1‑145 (MQ=255) cGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCa < 2:219549/150‑1 (MQ=255) 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gAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGaa < 1:2203395/123‑1 (MQ=255) acCTGGCTCAGCCCGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCg > 2:2178398/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCgg > 2:2204688/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCgg < 2:1984766/150‑1 (MQ=255) gCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGAAGTAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtgg > 1:2411341/1‑150 (MQ=255) ccAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCa < 1:2186446/56‑1 (MQ=255) 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aGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtggtgg < 2:226091/150‑1 (MQ=255) aGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtggtgg > 2:153503/1‑150 (MQ=255) aGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCtggtgg > 2:85847/1‑150 (MQ=255) | CATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTG‑TTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCTGGTGG > NC_002947/6125774‑6126072 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |