| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 87,493 | T→A | 5.9% | N98I (AAT→ATT) | PP_0076 ← | choline betaine‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 87,493 | 0 | T | A | 5.9% | 345.2 / 8.6 | 113 | N98I (AAT→ATT) | PP_0076 | choline betaine‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/58); new base A (5/2); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGCCGATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTAACAG > NC_002947/87344‑87641 | aGCCGATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCAt < 2:1742226/150‑1 (MQ=255) ccGATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTg < 1:1546030/150‑1 (MQ=255) ccGATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGGCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTTCCTCTATGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTg < 1:1045095/150‑1 (MQ=255) gATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTATTGTGTCAATTCAGCAAAATAATTCAACCCGGCATTGAATAATTAAGTAAAGCATT‑CGAAGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCACCATTGGc > 1:1751793/1‑150 (MQ=255) ttCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGa < 2:946387/150‑1 (MQ=255) ttCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGa < 2:2304996/150‑1 (MQ=255) tCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGAt < 1:2363570/150‑1 (MQ=255) tCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGGTTCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGAt < 1:789487/150‑1 (MQ=255) ttttttGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTc < 1:2290373/150‑1 (MQ=255) ttttGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCATCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCAt > 1:2435713/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCt > 1:1419512/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCt > 2:1231109/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGAAAGCCt > 2:539933/1‑150 (MQ=255) 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caTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCa < 1:88559/150‑1 (MQ=255) aTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCCTCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAg > 2:806350/1‑150 (MQ=255) aTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCtt > 2:2426285/1‑84 (MQ=255) aTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCa > 2:353687/1‑128 (MQ=255) aTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCa < 1:353687/128‑1 (MQ=255) aTCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAg > 2:352560/1‑150 (MQ=255) aTCGCCAATGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACGCAGGCTTTCCAg > 1:1698275/1‑150 (MQ=255) tCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGt > 2:376197/1‑150 (MQ=255) gCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTaa < 2:1861078/150‑1 (MQ=255) ccATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTAAc > 2:2125314/1‑150 (MQ=255) cATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGACGTCAATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTAACa > 2:1145692/1‑150 (MQ=255) aTTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTAACAg > 1:903962/1‑150 (MQ=255) | AGCCGATTCCGTACAGTTTTTTGTCGAACTGCCCGGCGTGTTTTTGCAGGTCAGCGAAGTCCTTCACCCCGGCATTCCACACAT‑AGTCGGGCACTGCGAGGGTGAACTCGGTTCCCTCCAGGTTGCGCGACAGCTGCTGCACATCGCCATTGGCGATGAACTTGTCATGGAAGCCTTGCTGCGCCGGCATCCAGTTTCCGAGGAAGGCGTCGACCTGGCCGTCCTTGAGGCCGCCGTAGATGATCGGTACGGCCAGGCTGTCGATCTTCACCTGGTAACCCAGGCTTTCCAGTAACAG > NC_002947/87344‑87641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |