Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 743,463 | A→G | 11.6% | intergenic (+139/+135) | PP_0635 → / ← PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 743,463 | 0 | A | G | 11.6% | 345.2 / 26.8 | 129 | intergenic (+139/+135) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/58); new base G (8/7); total (64/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGACGCATT > NC_002947/743314‑743610 | gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa > 2:41913/1‑150 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa > 1:206796/1‑150 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaa > 2:508314/1‑148 (MQ=18) 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ttCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTCTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGtt < 1:1023980/94‑1 (MQ=255) tCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGa < 1:312960/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGAt < 2:705520/150‑1 (MQ=255) tGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTg < 2:794602/150‑1 (MQ=255) tGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCAGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTCGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCCTTCGATCCTg < 2:794785/150‑1 (MQ=255) gTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTa > 2:1615152/1‑150 (MQ=255) ttACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAg < 2:1451783/150‑1 (MQ=255) ttACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAg < 1:1468249/150‑1 (MQ=255) cATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGa < 2:1420866/150‑1 (MQ=255) aTAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGAc < 2:1798987/150‑1 (MQ=255) aTAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGAc < 2:1798895/150‑1 (MQ=255) aGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTTGATCCTGCTAg < 1:186076/144‑1 (MQ=255) aGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTTGATCCTGCTAg > 2:186076/1‑144 (MQ=255) gCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGACGCa > 1:2174706/1‑150 (MQ=255) ggACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGACGCAtt < 2:698617/150‑1 (MQ=255) gACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGt < 1:539663/86‑1 (MQ=255) | GCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGT‑CGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAGCGACGCATT > NC_002947/743314‑743610 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |