Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 797,512 | G→A | 6.5% | intergenic (+33/‑44) | PP_0682 → / → PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 797,512 | 0 | G | A | 6.5% | 302.5 / 7.4 | 106 | intergenic (+33/‑44) | PP_0682/PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/42); new base A (2/5); total (59/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAT > NC_002947/797372‑797660 | gcgcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATg < 1:2220330/150‑1 (MQ=255) cgcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGc < 1:1540169/150‑1 (MQ=255) gcAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGcc > 2:2023896/1‑150 (MQ=255) cATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTcc < 1:2023896/150‑1 (MQ=255) cATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc < 1:1545806/150‑1 (MQ=255) tctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTcccc > 1:1820319/1‑149 (MQ=255) tctcCACCGATTACCGGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCca < 2:1621180/150‑1 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcac < 1:1608930/150‑1 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcac > 2:2038249/1‑150 (MQ=255) ctcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCcac < 2:528057/150‑1 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcaca > 1:1549242/1‑150 (MQ=255) ccACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGccc > 1:2304199/1‑142 (MQ=255) ccACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGccc < 2:2304199/144‑3 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggc < 1:2363900/129‑1 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggc > 2:2363900/1‑129 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGa > 1:48326/1‑150 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGa > 2:1549839/1‑150 (MQ=255) aCCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGat > 2:1338294/1‑150 (MQ=255) ccGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGata > 2:1117168/1‑150 (MQ=255) tACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAg < 1:2038249/150‑1 (MQ=255) tACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAg < 2:1420369/150‑1 (MQ=255) cTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCt > 2:1490148/1‑150 (MQ=255) cTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCAACCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAg > 1:1180537/1‑147 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc > 1:1539069/1‑150 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc > 2:932400/1‑150 (MQ=255) gtgGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCTAACATATTCCCATGCTCAACt > 2:1879860/1‑150 (MQ=255) ggTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGa > 1:1562252/1‑150 (MQ=255) gTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACATATATCGAGGCTCAACTGAc > 2:553595/1‑150 (MQ=255) gTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGAc > 1:1315331/1‑150 (MQ=255) tACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACg > 1:1068193/1‑150 (MQ=255) gTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGt > 2:143925/1‑150 (MQ=255) tGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTg < 1:2294767/150‑1 (MQ=255) atcatcCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGc < 2:48326/150‑1 (MQ=255) atcatcCACATGACCTCCGTGGTCTCGGCGTTGTGCATGGGCTACCTGCACAAGCTCACCACGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCCCTGCAACTCCTGTGGCGCCGGGCATGCCCGCTCCCACAGACCTCGAGGCTCAACTGACGAGTGGc < 1:1509115/150‑1 (MQ=255) tcCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGc < 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aCTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGaa > 2:66523/1‑150 (MQ=255) tcgatatcTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCCCCCACAGGTATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCt < 2:2342581/143‑1 (MQ=39) cTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCAt < 2:1315331/150‑1 (MQ=255) ccTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCa < 1:1620395/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAGAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAg < 2:1287951/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAg > 1:1814435/1‑150 (MQ=255) tgtgGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGc < 2:1539069/150‑1 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGc > 2:1282238/1‑145 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGc < 1:1282238/145‑1 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAt < 1:1670751/150‑1 (MQ=255) | GCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACATGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTACAAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAT > NC_002947/797372‑797660 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |