Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 799,838 | A→T | 6.5% | L213Q (CTG→CAG) | ispB ← | octaprenyl diphosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 799,838 | 0 | A | T | 6.5% | 340.2 / 11.7 | 108 | L213Q (CTG→CAG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/50); new base T (3/4); total (54/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCA > NC_002947/799689‑799985 | cACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCcagca > 2:1973322/1‑150 (MQ=255) ccccTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCcagcac < 2:537021/149‑2 (MQ=255) aCCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCcagcag > 1:2139246/1‑150 (MQ=255) cTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGgtcgt‑c < 1:1427832/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAg < 1:2077867/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAg < 2:162830/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCTGGTCGA‑CGACctgctg < 1:221819/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCTGGTCGA‑CGACctgctg < 2:1780583/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTg < 2:1030950/150‑1 (MQ=255) gCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGaa < 2:622142/150‑1 (MQ=255) gTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGATCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACACTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAgg > 2:1077882/1‑150 (MQ=255) aCCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCATCTgggcgtgg > 1:1327978/1‑144 (MQ=255) cAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGGCGTCACCGACGGTCTTGCCGAGGGTCTGCGAGTCACCCATGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCATGTGGAAGGCCAc > 1:1074328/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGc < 2:2139246/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGc > 2:1684121/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGc < 1:1236300/150‑1 (MQ=255) gccTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGa < 1:1782455/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATgg > 1:419153/1‑150 (MQ=255) 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ttCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACg > 1:1437594/1‑150 (MQ=255) gcATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAggg < 2:952466/150‑1 (MQ=255) tAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCgcgc < 1:979700/150‑1 (MQ=255) gATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCgctg > 1:1335858/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCgctgc < 2:1082266/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACa > 2:153866/1‑150 (MQ=255) ccAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACa > 1:987612/1‑150 (MQ=255) cAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTgg < 1:1911786/133‑1 (MQ=255) cAGGGTCTGCGAGGCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTgg > 2:1911786/1‑133 (MQ=255) gTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATc < 1:1927366/150‑1 (MQ=255) tGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGcc < 2:1615601/150‑1 (MQ=255) aGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCt > 1:2040803/1‑150 (MQ=255) gTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGTCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCtt < 1:1452911/150‑1 (MQ=255) gTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCtt < 2:1621699/150‑1 (MQ=255) tCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTg < 2:1967125/150‑1 (MQ=255) aCCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCgctgc > 2:1293554/1‑82 (MQ=255) aCCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCgctgc < 1:1293554/82‑1 (MQ=255) ccTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCcgc > 1:759253/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCcgcg > 1:1888299/1‑150 (MQ=255) tGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGaa < 2:2378293/150‑1 (MQ=255) tAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATg > 1:1822872/1‑150 (MQ=255) cttCCAGCTGGTCGA‑CGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTg < 2:2390778/81‑1 (MQ=37) cttCCAGCTGGTCGA‑CGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTg > 1:2390778/3‑83 (MQ=37) cttCCAGCTGGTCGA‑CGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGa > 2:935457/3‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAc < 1:1912347/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAc > 2:812949/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAcc > 2:2056159/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 2:124323/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 2:2254334/1‑150 (MQ=255) gcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCa > 2:515690/1‑150 (MQ=255) gcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCa > 2:497602/1‑150 (MQ=255) | CACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCA > NC_002947/799689‑799985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |