| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 799,844 | T→A | 6.6% | D211V (GAC→GTC) | ispB ← | octaprenyl diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 799,844 | 0 | T | A | 6.6% | 316.1 / 10.9 | 107 | D211V (GAC→GTC) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/47); new base A (3/4); total (56/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGG‑GTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGACT > NC_002947/799696‑799993 | cTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGG‑GTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGgtcgt‑c < 1:1427832/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGG‑GTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAg < 1:2077867/150‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGG‑GTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAg < 2:162830/150‑1 (MQ=255) 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tAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATg > 1:1822872/1‑150 (MQ=255) cttCCAGCTGGTCGA‑CGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTg < 2:2390778/81‑1 (MQ=37) cttCCAGCTGGTCGA‑CGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGa > 2:935457/3‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAc > 2:812949/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAc < 1:1912347/150‑1 (MQ=255) cagcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 2:124323/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 2:2254334/1‑150 (MQ=255) gcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCa > 2:497602/1‑150 (MQ=255) gcagGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCa > 2:515690/1‑150 (MQ=255) gt‑cgACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGAc < 2:1577063/150‑1 (MQ=255) t‑cgACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGACt > 2:1669043/1‑150 (MQ=255) | CTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGG‑GTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGT‑CGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGCTCGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTGTGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGACT > NC_002947/799696‑799993 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |