| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,134,095 | A→T | 6.8% | intergenic (+34/+44) | PP_0995 → / ← gltS | membrane protein/glutamate:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,134,095 | 0 | A | T | 6.8% | 303.6 / 7.4 | 99 | intergenic (+34/+44) | PP_0995/gltS | membrane protein/glutamate:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/47); new base T (3/4); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ACTGCCTGCATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAG > NC_002947/1133946‑1134238 | aCTGCCTGCATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAacga < 1:430106/150‑1 (MQ=255) ctgcctgcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAacgac < 1:698895/150‑1 (MQ=255) cctgcATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGtt < 1:2437355/150‑1 (MQ=255) cATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGa < 1:2294848/150‑1 (MQ=255) aTTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATTCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCt < 2:462452/147‑1 (MQ=255) aTTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGag < 2:1067010/150‑2 (MQ=255) aTTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCt > 1:462452/1‑147 (MQ=255) ttGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGAtt < 1:372776/150‑1 (MQ=255) ttGCCAGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGAtt < 2:1126636/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagtt < 2:424498/150‑4 (MQ=255) cccGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCT‑GGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGAttgctt > 2:283826/1‑150 (MQ=255) ccGGAAATGGGCGTGCCGCTCTGGGGCGTGTGGGATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCAGCATGCTGAGTTGGTCGGCAATACCGGCTGTCTCCACCCAACTCAGAACGTCGTTCTGAttgctt > 2:145889/1‑150 (MQ=255) ggAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGAttgcttgc > 2:1252928/1‑150 (MQ=255) aaaTGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGTTATGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGccc < 2:810044/150‑1 (MQ=255) aTGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTg < 1:2098723/150‑1 (MQ=255) tGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCT‑GGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGc < 1:283826/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCt > 1:987914/1‑150 (MQ=255) cGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAgg > 1:2299256/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTa > 2:1616281/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGtt > 1:93547/1‑132 (MQ=255) gTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGtt < 2:93547/132‑1 (MQ=255) tCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagtt > 2:1981430/1‑107 (MQ=255) tCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGTCGTTCTGagtt < 1:1981430/110‑4 (MQ=255) cTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGca > 1:1620411/1‑150 (MQ=255) 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< 2:1239622/130‑1 (MQ=255) gCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGAt > 2:1954175/1‑116 (MQ=255) gCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGAt < 1:1954175/116‑1 (MQ=255) gCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCccacc > 2:2315508/1‑150 (MQ=255) cccACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGc > 1:301333/1‑150 (MQ=255) ccACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGt < 2:1769226/49‑1 (MQ=255) ccACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGt > 1:1769226/1‑49 (MQ=255) caaCGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGca > 2:1674222/3‑150 (MQ=255) cACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGcac < 1:1847069/150‑1 (MQ=255) aagcaatCAGAACGTCGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGcacca > 2:410558/7‑150 (MQ=255) tCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATCCCAGGTACAACTTGATCACGATGACATTGATGATGTCAATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAggg > 2:796673/1‑149 (MQ=255) aGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCg > 1:1266107/1‑136 (MQ=255) aGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCg < 2:1266107/136‑1 (MQ=255) aGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAg > 2:164447/1‑150 (MQ=255) | ACTGCCTGCATTGCCCGGAAATGGGCGTGCCGTTCTGGGGTGTGTGGTATGTCCTCGGCATGCTCGTGCCGACGGTACTCGGTGCCTGGTGGGGCCCCCGCATGCTGCGTTGGTAGGCTGTACCGGCAGGCCCCACGCAACTCAGAACGACGTTCTGATTGCTTGCCCTGGCTTCACAGGTTCGTGACCTCGCTTAACCCGCAACAAACCAAGGCAATGCCAGGTACAGCTTGATCACGATGACATTGATGATGTCGATGAAGAACGCCCCCACCATCGGCACCACCAGGAAG > NC_002947/1133946‑1134238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |