| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,151,981 | A→T | 6.3% | M234L (ATG→TTG) | edd → | phosphogluconate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,151,981 | 0 | A | T | 6.3% | 346.0 / 9.5 | 112 | M234L (ATG→TTG) | edd | phosphogluconate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/57); new base T (3/4); total (51/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAATCGTCGAC > NC_002947/1151832‑1152130 | gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa < 1:2397559/150‑1 (MQ=255) ctcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGa > 2:2235357/1‑150 (MQ=255) tcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 2:2184828/150‑1 (MQ=255) tcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCAAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 1:852214/150‑1 (MQ=255) ccAACCAGCAGAAGGCCGATGTGCCCCAGCGCTATGCCGACCGCGAGCACCAGCC‑AGAAAATGGAATGGGGTGCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg < 1:280554/150‑1 (MQ=255) aacaaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACGGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTg > 1:2439087/1‑150 (MQ=255) caaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGAt > 2:888336/1‑150 (MQ=255) caaGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCACGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGAt < 1:1787782/150‑1 (MQ=255) 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caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGAc < 1:2430175/120‑1 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTggg > 2:681888/1‑150 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAACCTCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTggg < 1:323776/150‑1 (MQ=255) aaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGc > 1:1568241/1‑150 (MQ=255) ccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGa > 2:2070766/1‑150 (MQ=255) cagacggTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCAGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGaa > 2:491856/6‑150 (MQ=255) aGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGaaa < 2:2283433/150‑1 (MQ=255) gTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTTAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAAt > 2:1646025/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACTGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAAt > 2:1952606/1‑150 (MQ=255) gATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAATCGTcga < 2:1568241/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACACACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAATCGTcgac < 2:454106/150‑1 (MQ=255) | GCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGAAATCGTCGAC > NC_002947/1151832‑1152130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |