| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,207,691 | G→A | 6.0% | A439V (GCC→GTC) | PP_1058 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,207,691 | 0 | G | A | 6.0% | 276.6 / 4.6 | 94 | A439V (GCC→GTC) | PP_1058 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/42); new base A (2/4); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGACCCAGTCGCGGTAC > NC_002947/1207543‑1207840 | ggcggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTGACTCCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGc < 2:63768/150‑1 (MQ=255) gCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCaa < 2:303024/150‑1 (MQ=255) gCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGCCGACCTGCaa < 2:1395264/150‑1 (MQ=255) cGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTCAGCGTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGCCGACCTGCaac < 1:1842643/150‑2 (MQ=255) gAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACt > 2:1269757/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACt > 1:1754032/1‑150 (MQ=255) aaCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtg > 2:2431534/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtgg < 1:784077/150‑1 (MQ=255) cAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggt < 1:1275632/150‑1 (MQ=255) aGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtgg < 2:2233617/150‑1 (MQ=255) ggTGAAACTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCCACTGTATGTCAGTC‑GTGTGCTCTTTTGCTGCAACCCCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGTCCTGCAAGGTACTGGTGGc < 1:280508/150‑1 (MQ=255) gTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGc > 2:2364784/1‑149 (MQ=255) gTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGc < 1:2364784/149‑1 (MQ=255) 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cTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TATCCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTc < 1:746190/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGa < 2:407305/150‑1 (MQ=255) ggtggtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtgg < 2:2427308/122‑1 (MQ=255) ggtggtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtgg > 1:2427308/1‑122 (MQ=255) ggtggtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTc > 1:2026633/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGc < 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cAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGTAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGc < 1:497391/150‑1 (MQ=255) gTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGa < 1:593255/150‑1 (MQ=255) tGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGCCGACCTGCaac > 1:786025/1‑100 (MQ=255) tGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGCCGACCTGCaac < 2:786025/101‑2 (MQ=255) agcagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTg > 1:2417518/1‑150 (MQ=255) gcagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGa < 1:1735318/150‑1 (MQ=255) cagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAg > 1:316232/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGc < 1:362691/150‑1 (MQ=255) cTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGAAAATTCAGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGc < 2:188949/150‑1 (MQ=255) gCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGa > 2:1151511/1‑119 (MQ=255) gCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGa < 1:1151511/119‑1 (MQ=255) gATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAg > 1:139230/1‑150 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tgtgCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGcc > 1:2427789/1‑150 (MQ=255) cGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCt < 2:185252/80‑1 (MQ=255) cGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCt > 1:185252/1‑80 (MQ=255) gCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTg > 2:1475174/1‑150 (MQ=255) aaaCTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCGGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGAt > 2:1468163/1‑150 (MQ=255) aaCTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAt < 2:2207150/112‑1 (MQ=255) aaCTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAt > 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tAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCt > 2:796308/1‑150 (MQ=255) aCCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgc < 1:796424/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATg > 2:996735/1‑83 (MQ=255) ccTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATg < 1:996735/83‑1 (MQ=255) ccTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgcg > 2:2414485/1‑150 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgttg > 2:1437054/1‑121 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgttg < 1:1437054/121‑1 (MQ=255) tGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGcgcg > 2:1937883/1‑150 (MQ=255) gCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTCGGTGGGAAGTATCGGTACGATGGTCGGCTGcgcgg > 2:391628/1‑149 (MQ=255) gCAGTTCCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCAAGGCAGACAACAACCAATAACGATTTATGGCGAATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGa < 1:1475174/150‑1 (MQ=255) cttGCAGGCCGACCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGAt < 2:1194742/105‑1 (MQ=255) cttGCAGGCCGACCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGAt > 1:1194742/2‑106 (MQ=255) gCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgt < 2:1817760/111‑1 (MQ=255) gCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCttgt > 1:1817760/1‑111 (MQ=255) ggCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGACCCAGTCGCGGTa < 2:2417518/150‑1 (MQ=255) gCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGCGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGACCCAGTCGCGGTac < 2:725140/150‑1 (MQ=255) gCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGGGCGACCTAGTCGCGGTaa > 2:606051/1‑149 (MQ=255) gCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGACCCAGTCGCGGTac < 1:1937883/150‑1 (MQ=255) | GGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATC‑TGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGCGACCCAGTCGCGGTAC > NC_002947/1207543‑1207840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |