| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,209,553 | C→G | 5.9% | G52G (GGC→GGG) | ytnA → | amino acid permease YtnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,209,553 | 0 | C | G | 5.9% | 325.4 / 8.5 | 102 | G52G (GGC→GGG) | ytnA | amino acid permease YtnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/54); new base G (4/2); total (46/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GTCGGCAACCACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTACATCATCGGCGGCCTGGCCATTCTGGTGATCATGCGCGCCCTTGGTGAAATGGCCGTGCACAACCCTGTCGCCGGCTCGTTCAGCCGTTATGCCCAGGATTACCTCGGCCCATTGGCGGGCTTCCTGAC > NC_002947/1209404‑1209702 | gTCGGCAACCACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATggccggc > 1:1422141/1‑150 (MQ=255) cAACCACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGccggcccggc < 1:943001/150‑1 (MQ=255) ccACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcat > 2:2347581/1‑150 (MQ=255) ccACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcat > 2:756628/1‑150 (MQ=255) cACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcatc < 2:1057262/150‑1 (MQ=255) cACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcatc > 2:423592/1‑150 (MQ=255) aCTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcatca > 2:5820/1‑150 (MQ=255) tGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCAtgtt < 1:2098221/150‑1 (MQ=255) tGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCAtgtt < 1:1373644/150‑1 (MQ=255) ccACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcatcat > 1:433686/1‑144 (MQ=255) ccACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCcatcat < 2:433686/144‑1 (MQ=255) ccGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACCTCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCTATCATGTTGTCCt < 2:1596686/149‑1 (MQ=255) aCGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCt < 1:954619/150‑1 (MQ=255) ggccaCTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTAcatcat < 1:5820/150‑1 (MQ=255) ggccaCTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTAcatcat < 1:2347581/150‑1 (MQ=255) caCTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCTGCCCGGCCATCATGTTGTCCTACATCATcgg > 2:283395/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTACATCATcggcgg > 2:102071/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTACAACAGcggcgg > 2:1997060/1‑150 (MQ=255) 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cggcccggccATCATGTTGTCCTACATCATCGGCGGCCTGGCCATTCTGGTGATCATGCGCGCCCTTGGTGAAATGGCCGTGCACAACCCTGTCGCCGGCTCGTTCa > 2:932291/1‑107 (MQ=255) cggcccggccATCATGTTGTCCTACATCATCGGCGGCCTGGCCATTCTGGTGATCATGCGCGCCCTTGGTGAAATGGCCGTGCACAACCCTGTCGCCGGCTCGTTCa < 1:932291/107‑1 (MQ=255) cccggccATCATGTTGTCCTACATCATCGGCGGCCTGGCCATTCTGGTGATCATGCGCGCCCTTGGTGAAATGGCCGTGCACAACCCTGTCGCCGGCTCGTTCAGCCGTTATGCCCAGGATTACCTCGGCCCATTGGCGGGCTTCCTGAc < 1:1212931/150‑1 (MQ=255) | GTCGGCAACCACTCTGCCCACGGCCAGGCCACTGAAGGCGGCCCGCTCAAGCGTGAACTGGGCGAACGGCACATCCGCCTGATGGCGCTGGGCGCCTGTATCGGTGTCGGTCTTTTCCTCGGTTCGGCCAAGGCGATCGAAATGGCCGGCCCGGCCATCATGTTGTCCTACATCATCGGCGGCCTGGCCATTCTGGTGATCATGCGCGCCCTTGGTGAAATGGCCGTGCACAACCCTGTCGCCGGCTCGTTCAGCCGTTATGCCCAGGATTACCTCGGCCCATTGGCGGGCTTCCTGAC > NC_002947/1209404‑1209702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |