Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,212,026 | C→G | 6.0% | Q149H (CAG→CAC) | PP_1060 ← | glutamate synthase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,212,026 | 0 | C | G | 6.0% | 425.6 / 14.1 | 133 | Q149H (CAG→CAC) | PP_1060 | glutamate synthase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/59); new base G (5/3); total (70/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGGCTGATGCTGCCCTCGCCGGTGTCATGGTGGAAATTGCCCAGCTTGGCGCCCTGGTTGAGCGCACGGATGGCATTGGCGCTGAGCGAGCCGAAACTCATGGCCGAAATGTTGAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGTTCTTCGCCCGGGCATA > NC_002947/1211883‑1212175 | gggCTGATGCTGCCCTCGCCGGTGTCATGGTGGAAATTGCCCAGCTTGGCGCCCTGGTTGAGCGCACGGATGGCATTGGCGCTGAGCGAGCCGAAACTCATGGCCGAAATGTTGAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGc > 2:1784753/1‑150 (MQ=255) gCTGATGCTGTCCTCGCCGGTGTCATGGTGGAAATTGCCCAGCTTGGCGCCCTGGTTGAGCGCACGGATGGCATTGGCGCTGAGCGAGCCGAAACTCATGGCCGAAATGTTGAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGccc > 1:298342/1‑150 (MQ=255) gCTGATGCTGCCCTCGCCGGTGTCATGGTGGAAATTGCCCAGCTTGGCGCCCTGGTTGAGCGCACGGATGGCATTGGCGCTGAGCGAGCCGAAACTCATGGCCGAAATGTTGAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGccc > 1:1893138/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATaaa < 2:642085/105‑1 (MQ=255) gAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGttt > 1:545153/1‑150 (MQ=255) gAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGttt > 2:1867028/1‑150 (MQ=255) gATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTTTc < 1:2097760/150‑1 (MQ=255) tCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCg > 2:1037002/1‑150 (MQ=255) gACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAg < 1:1013465/150‑1 (MQ=255) aCGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAgg > 1:666574/1‑150 (MQ=255) cgcgGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGc < 2:1415466/89‑1 (MQ=255) aTACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTTGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGtt < 1:1534857/150‑1 (MQ=255) tACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGAt < 1:332489/102‑1 (MQ=255) tACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGttc < 1:2068861/150‑1 (MQ=255) tcggtgggCCGCAGTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAg > 2:110254/7‑129 (MQ=255) tcggtgggCCGCAGTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAg < 1:110254/123‑1 (MQ=255) ggtgggCCGCAGTGCGGCCAGCCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTc < 1:1957516/130‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAACCCCTACCCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGttcttc < 1:1356770/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGt > 2:47665/1‑129 (MQ=255) ggCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGt < 1:47665/129‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGttcttc < 2:2313222/150‑1 (MQ=255) gtgggCCGCAGTGCGGCCAGCCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGAACAACCCGAGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGTTCTTCg > 1:2126729/4‑150 (MQ=255) tgggCCGCAGTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGaaa > 1:57934/3‑124 (MQ=255) tgggCCGCAGTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGaaa < 2:57934/122‑1 (MQ=255) gCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGTTCTTCGCCCg > 1:1445199/1‑150 (MQ=255) gCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGc > 1:1238143/1‑71 (MQ=255) cTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTTCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGTTCTTCGCCCGGGCATa < 2:1484411/150‑1 (MQ=255) | GGGCTGATGCTGCCCTCGCCGGTGTCATGGTGGAAATTGCCCAGCTTGGCGCCCTGGTTGAGCGCACGGATGGCATTGGCGCTGAGCGAGCCGAAACTCATGGCCGAAATGTTGAAGATCGACGCGGAATACGGCTGGCCGCACTGCGGCCCACCGACGATGACACGGAAGCTGGTCGGGTCAGCCAGCGGTGCCGGGCGCATGGAGTGGCCGATAAACTCGAAACCGGATTCATATACGTCGATCAGGGTGCCGAAAGGTTTGTCCGAGGCTTCGTTCTTCGCCCGGGCATA > NC_002947/1211883‑1212175 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |