| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,249,757 | C→G | 10.8% | intergenic (+24/+47) | bvgA → / ← PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,249,757 | 0 | C | G | 10.8% | 270.5 / 19.3 | 90 | intergenic (+24/+47) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/33); new base G (6/4); total (53/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTT > NC_002947/1249608‑1249904 | aTTGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGAGCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTccagc > 1:792295/1‑150 (MQ=255) gCCGACAGCATGTACTTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTccagccag < 2:767193/150‑1 (MQ=255) tACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCa > 2:1749698/1‑150 (MQ=255) ccTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCTGGCTGGAGGCttcaa < 1:2401197/146‑4 (MQ=255) ccTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCTGGCTGGAGGCttcaa > 2:2401197/1‑143 (MQ=255) ccTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAgg > 2:1441871/1‑150 (MQ=255) tCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAAGGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGc > 1:1359888/1‑150 (MQ=255) gTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTAt < 1:1441871/150‑1 (MQ=255) aCAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCgg > 2:469451/1‑150 (MQ=255) cAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGACCTGCACGCAAAGCATGTACGTCTGCGTCCAGGTGTCGGTGCCAGGGCTATCGGt > 2:623972/1‑150 (MQ=255) gACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGGGTGTAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCa > 1:603293/1‑150 (MQ=255) tACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACgg < 1:2106320/150‑1 (MQ=255) ccTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCACGGCTATCGGTCCATGACTACGGGa < 2:1622372/150‑1 (MQ=255) cTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGAc > 2:1898806/1‑150 (MQ=255) cTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTAAAGCCTCCTGGCTGGAGGCtt > 1:2078968/1‑119 (MQ=255) cTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTAAAGCCTCCTGGCTGGAGGCtt < 2:2078968/119‑1 (MQ=255) aCAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGCAGTGGGCGGGCATTGATGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGAccc > 1:1124337/1‑150 (MQ=255) aaGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGc < 1:314081/113‑1 (MQ=255) aaGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGc > 2:314081/1‑113 (MQ=255) 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2:1418273/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCa > 2:992872/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAg > 2:1367289/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAg < 1:1618496/150‑1 (MQ=255) aaGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAgg < 1:1336991/150‑1 (MQ=255) cctggcaaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTCGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAgg > 1:2326453/8‑149 (MQ=255) 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tGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTc < 1:1193213/150‑1 (MQ=255) caaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCa > 1:2429067/3‑112 (MQ=255) caaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCa < 2:2429067/110‑1 (MQ=255) aaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCtt > 1:1953395/1‑150 (MQ=255) aGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCttt < 2:2032590/150‑1 (MQ=255) cTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCg > 1:1486011/1‑150 (MQ=255) 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1:139182/1‑150 (MQ=255) | ATTGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTT > NC_002947/1249608‑1249904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |