| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,253,439 | G→C | 8.0% | intergenic (‑79/+28) | PP_1096 ← / ← metG | electron transport complex protein/methionine‑‑tRNA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,253,439 | 0 | G | C | 8.0% | 307.5 / 15.5 | 100 | intergenic (‑79/+28) | PP_1096/metG | electron transport complex protein/methionine‑‑tRNA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/43); new base C (4/4); total (53/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCGGGGTT > NC_002947/1253292‑1253588 | tGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGcc > 1:1968267/1‑150 (MQ=255) tGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTc < 1:1504887/150‑1 (MQ=255) gTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTcc < 1:729947/150‑1 (MQ=255) ggAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGCGGGCCATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTccc > 2:471381/1‑150 (MQ=38) gAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCcaca > 1:1574285/1‑150 (MQ=255) gAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTCCcaca < 1:815881/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACaa < 1:823743/150‑1 (MQ=255) gCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAAt < 1:1119003/150‑1 (MQ=255) gCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTcc < 2:1828175/140‑1 (MQ=255) gCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTcc > 1:1828175/1‑140 (MQ=255) cacaGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGCCAGCCTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGccc > 1:1972021/1‑150 (MQ=255) acaGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCg > 2:1766983/1‑150 (MQ=255) aGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCa < 2:1968267/150‑1 (MQ=255) aGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCa > 2:2441759/1‑150 (MQ=255) ggTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGCGGGCCATTGTGGGAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAAttacgcag < 1:471381/150‑8 (MQ=25) tgattgatCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAggg < 1:581565/150‑1 (MQ=255) tgattgatCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAggg < 1:1794893/150‑1 (MQ=255) gattgatCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGAGGTAGGCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAAGCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACAGGAAGGGGCGTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGc < 2:310184/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGcc > 2:2140270/1‑150 (MQ=255) aTTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGCCCCTGCCTTCGGACACGCCaaa < 2:1972021/150‑1 (MQ=255) ttGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAg < 2:180217/150‑1 (MQ=255) ttGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAg > 1:2172947/1‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGTTGTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAgcgc > 1:1593907/1‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGCCTGCCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAgcgc > 1:87659/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCAt < 2:1181038/119‑1 (MQ=255) gAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCAt > 1:1181038/1‑119 (MQ=255) aGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAg > 2:2230375/1‑105 (MQ=255) aGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAg < 1:2230375/105‑1 (MQ=255) gggCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTcc < 2:811905/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCg < 1:2306418/150‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCGGGGt < 1:2169910/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCGGGGtt > 1:1528585/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCGGGGtt > 1:268819/1‑150 (MQ=255) | TGGCTGTCGGAGCAGGCACAGGTGATTGATCAGTGCGGCGCTGATCAGGACCAGGATGTAGTCATTCATGAGATGACGATAGCCGGGAATCGGGGCGATTGTCCGGGTTTGACATGAAGGGGCCTGC‑‑GTAATTGTGGGAGCGGGCAGGCCGCTCCCACAATGGCCCGCAGGGCGGTTACTTGATGCGCTGGCCTGGCTTGGCGCCGCTGTCCGGGCTCAGCAGGTAGATTTCTTCACCGCCAGGGCCGGCAGCCATGACCATGCCTTCGGACACGCCAAAGCGCATCTTCCGGGGTT > NC_002947/1253292‑1253588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |