| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,310,449 | G→C | 5.9% | L364V (CTG→GTG) | PP_1144 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,310,449 | 0 | G | C | 5.9% | 370.4 / 12.4 | 119 | L364V (CTG→GTG) | PP_1144 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/55); new base C (5/2); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTGAT > NC_002947/1310300‑1310595 | gATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAg > 2:2207196/1‑150 (MQ=255)gATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGCCGCCACCAAAGCGCGCAACCAg < 2:1818760/150‑1 (MQ=255) gtggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTgg < 2:1974916/150‑1 (MQ=255) gtggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTgg < 1:514108/150‑1 (MQ=255) ggtCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGtt < 1:1561854/150‑1 (MQ=255) tCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGc > 1:1808849/1‑150 (MQ=255) tCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGc > 1:1945280/1‑150 (MQ=255) aTGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCgg > 2:356164/1‑150 (MQ=255) 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cccgcAACCACGACCTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTg > 2:2338077/3‑150 (MQ=255) ccgcAACCACGACCTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTgg > 2:204019/2‑150 (MQ=255) cgcAACCACGACCTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGt < 1:964173/110‑1 (MQ=255) cgcAACCACGACCTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGt > 2:964173/1‑110 (MQ=255) gcAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCt > 2:1273544/1‑100 (MQ=255) gcAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCt < 1:1273544/100‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGAt > 2:119887/1‑93 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGAt < 1:119887/93‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAg < 1:930957/117‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAg > 2:930957/1‑117 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTg > 1:1801984/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTg > 2:1815275/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGAAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGc < 2:257292/97‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGAAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGc > 1:257292/1‑97 (MQ=255) ccAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTGAt < 1:2148571/150‑1 (MQ=255) | GATGCTGGTGGTCATGACCATGCGCCGCCCGCCCAGGTCGATGGGGTCTTTCATCCGTTGCATGATGCGCTGGGCCAGGTGGCGGGCTTCGTCGCGGCTGTTCAGGCTGGTGACCACACAGAACTCGTCGCCACCAAAGCGCGCAACCAGGTCGTGGTTGCGGGTAGCGGCCTTGATGTGGTTGGCGATCACCTTGAGCAGCTCGTCACCGGCGTCGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATACGCTTGAAATGGTCGATGTCGAGGAACATGACAGCCAGGCGGTTTTCGCTGGCCTGAT > NC_002947/1310300‑1310595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |