| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,354,271 | G→T | 5.9% | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,354,271 | 0 | G | T | 5.9% | 370.4 / 8.2 | 118 | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/57); new base T (4/3); total (58/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAA > NC_002947/1354122‑1354419 | cGTTGGTGCCCTTGATGTAGGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTgg > 2:526559/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGa > 2:1578374/1‑150 (MQ=255) gTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGa < 1:2130248/146‑1 (MQ=255) gTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGa > 2:2130248/1‑146 (MQ=255) tGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCt > 1:321439/1‑150 (MQ=255) cTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCgg < 1:1335522/150‑1 (MQ=255) ttGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGctac < 1:1647972/150‑4 (MQ=255) ttGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATACCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCggg < 1:2147416/150‑1 (MQ=255) tGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCa > 2:1437241/1‑150 (MQ=255) tGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCa < 1:1437241/150‑1 (MQ=255) aaggaagCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGAGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCTGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAg > 2:2100100/6‑150 (MQ=255) aaGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCt > 1:951338/1‑138 (MQ=255) aaGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCt < 2:951338/138‑1 (MQ=255) aaGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAggg > 2:235221/1‑150 (MQ=255) agagCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGt > 1:564133/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGc > 2:1960237/1‑150 (MQ=255) gcgcACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGaa > 2:2305940/1‑150 (MQ=255) gcACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACa > 2:2291003/1‑150 (MQ=255) 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aGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtcggggtcg > 1:1656821/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGa > 1:1600687/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTCGTCAGGTAGCAGCTGGAGAGCTGCGGGCGCAGGGTGAGGGCGTTGAATAGGGTCGGGGTCGa > 2:94077/1‑150 (MQ=255) gTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGc < 1:1960237/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCAGGCCACCGGCGAAATTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGGAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGc > 2:964986/1‑150 (MQ=255) 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cGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAgc < 1:1658612/145‑1 (MQ=255) ggcaCGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAg < 1:102128‑M2/68‑1 (MQ=255) ggcaCGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAg > 2:102128‑M2/5‑72 (MQ=255) ggtCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGc < 2:1038076/150‑1 (MQ=255) ggtCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTCGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGc < 1:2291003/150‑1 (MQ=255) ggTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCacac > 2:1027030/1‑150 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa < 1:1810111/89‑1 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa > 2:1810111/1‑89 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCg < 2:2446268/96‑1 (MQ=255) ccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGc > 2:2323855/3‑150 (MQ=255) ccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGc > 2:573111/3‑150 (MQ=255) cgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGacaa > 2:106823/2‑79 (MQ=255) cgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGacaa < 1:106823/78‑1 (MQ=255) agcagcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCa < 2:7994/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGTGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCAt < 1:1588113/150‑1 (MQ=255) gcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaa < 1:2305940/150‑1 (MQ=255) cTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaag < 1:738694/150‑1 (MQ=255) cTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaag < 1:1466721/150‑1 (MQ=255) ggACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaagaa > 1:1370170/1‑150 (MQ=255) gACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTcc > 1:477818/1‑102 (MQ=255) gACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTcc < 2:477818/102‑1 (MQ=255) | CGTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGAC‑AGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAA > NC_002947/1354122‑1354419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |