| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,458,126 | A→T | 6.5% | intergenic (+19/+21) | PP_1276 → / ← algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,458,126 | 0 | A | T | 6.5% | 287.7 / 8.6 | 92 | intergenic (+19/+21) | PP_1276/algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/43); new base T (3/3); total (46/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
ACTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGATCTCCA > NC_002947/1457978‑1458274 | aCTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAg < 1:1201555/150‑1 (MQ=255) cTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGc < 1:1507218/150‑1 (MQ=255) tCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGcc < 2:356229/150‑1 (MQ=255) gAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCa > 1:1364874/1‑150 (MQ=255) aaTGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAgg < 1:643429/150‑1 (MQ=255) aaTGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAgg < 2:1980216/150‑1 (MQ=255) aTGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAggg > 1:435206/1‑150 (MQ=255) cTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGa < 1:1770533/150‑1 (MQ=255) 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aaTCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTCTCTTATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATg < 1:1845021/150‑1 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTTCGCGATGGTCtt > 2:645129/1‑150 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCtt < 2:504985/150‑1 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCtt > 1:922926/1‑150 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGGCAGCATTTACTGCGCGATGGTCtt > 1:443874/1‑150 (MQ=255) 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tgacTCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCGAGCCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGaa > 1:566962/4‑109 (MQ=38) tgacTCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCAAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATgg < 1:106973/75‑1 (MQ=25) tgacTCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCAAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATgg > 2:106973/4‑78 (MQ=25) aGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCa > 2:1415939/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGACCCGGGTCAGCCCAGCGGCGAGTCAGCATTTACTGCGTGAAGGACTTAGATAAG‑ATGTTATTTGTCATCCGGGTGGACTTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCa < 1:542930/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt > 1:228740/1‑116 (MQ=255) gCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt < 2:228740/116‑1 (MQ=255) cTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCt < 1:1415939/150‑1 (MQ=255) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGaa > 1:1426376/1‑105 (MQ=255) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGaa < 2:1426376/105‑1 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGa > 1:1229579/1‑137 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGa < 2:1229579/137‑1 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCga > 2:2218126/1‑148 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCga < 1:2218126/148‑1 (MQ=255) ccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCGGCATTTACTGCGCGGTGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATATGACTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCgatga < 1:413499/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGAtct < 2:1364874/150‑1 (MQ=255) cAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGATCTCCa < 2:2065014/150‑1 (MQ=255) | ACTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAA‑ACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGATCTCCA > NC_002947/1457978‑1458274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |