| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,534,935 | C→T | 8.0% | intergenic (+84/‑99) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,534,935 | 0 | C | T | 8.0% | 318.4 / 13.8 | 112 | intergenic (+84/‑99) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/46); new base T (3/6); total (60/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTT > NC_002947/1534788‑1535084 | ggTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtg > 2:356810/1‑150 (MQ=255) ggCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGCGTGGCCTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTggggg < 2:1894609/150‑1 (MQ=255) gCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggc < 2:2362745/150‑1 (MQ=255) 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1:2230087/1‑150 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAc > 1:305102/1‑150 (MQ=255) cgcgCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCttttt < 2:1336406/77‑1 (MQ=255) cgcgCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtcttg > 2:2354147/1‑124 (MQ=255) cgcgCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGCGGGAGCAGTGA‑TCTATCGAGGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGtt > 1:416990/1‑150 (MQ=255) cgcTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTcc < 1:1245025/150‑1 (MQ=255) cTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCC‑TTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 2:1960665/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 1:268151/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 1:2353872/150‑1 (MQ=255) cGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTCCCGCGt < 2:1732014/150‑1 (MQ=255) gTCCATGCACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGCGCCCTCTACTGGCCGTTGGTCTTGGTCCTGTACCCACCCGGCGCCCGGTTCCGTGtt < 2:2231821/150‑1 (MQ=255) gTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtt > 1:1547112/1‑150 (MQ=255) ccATGAACGGGCGAGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTATTGGGCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt > 1:973454/1‑150 (MQ=255) | CAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTT > NC_002947/1534788‑1535084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |