| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,588,469 | C→G | 6.1% | A224A (GCG→GCC) | PP_1393 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,588,469 | 0 | C | G | 6.1% | 419.0 / 14.9 | 131 | A224A (GCG→GCC) | PP_1393 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/65); new base G (5/3); total (63/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCCTGGCCTGGCTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGC > NC_002947/1588324‑1588616 | tCCTGGCCTGGCGCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCa > 1:1798080/1‑150 (MQ=255) tggcctggcTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGAACCATATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGt < 1:766892/150‑1 (MQ=255) ggcctggcTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTc < 1:673781/150‑1 (MQ=255) cctggcTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCTCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCa < 2:1655656/150‑1 (MQ=255) cctggcTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCa < 2:1809984/150‑1 (MQ=255) tggcTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAgt > 1:2428847/1‑150 (MQ=255) cTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGtc > 1:1789992/1‑150 (MQ=255) tCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTc < 1:695223/142‑1 (MQ=255) tCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTc > 2:695223/1‑142 (MQ=255) tCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGtct > 1:353253/1‑150 (MQ=255) tCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGACATGGCGatggccatggcct < 1:652869/144‑2 (MQ=255) cACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGtctc < 2:960475/150‑1 (MQ=255) cACCAGGTAATACAACTTTCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACCAGAATCCTGCTGGCAGGTTGTGGCCAATCAGCGACCAATGGAAGCTCGAACCATCACTTCCCAGGGATGCCTTGGCCATCGCCATGTCCAGTGtctc < 1:2388844/150‑1 (MQ=255) 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actggacatggcgatGGCCATGGCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAg > 1:2405607/7‑141 (MQ=255) actggacatggcgatGGCCATGGCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAg < 2:2405607/135‑1 (MQ=255) gAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCAcc > 1:89830/1‑150 (MQ=255) tggacatggcgatGGCCATGGCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCa < 1:757978/143‑1 (MQ=255) tggacatggcgatGGCCATGGCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCa > 2:757978/5‑147 (MQ=255) gccatggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGACCCGCTGGTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACctgc < 2:1773769/150‑1 (MQ=255) gccatggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACctgc < 1:282460/150‑1 (MQ=255) ccatggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACctgct > 1:594454/1‑150 (MQ=255) ccatggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACctgct < 1:1967487/150‑1 (MQ=255) ccatggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACctgct < 1:132618/150‑1 (MQ=255) catggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCGCAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCAtgtg < 1:559847/126‑1 (MQ=255) atggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCGGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCtgctgc > 1:1714419/1‑150 (MQ=255) atggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAgg < 2:103520/135‑1 (MQ=255) atggccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAgg > 1:103520/1‑135 (MQ=255) gccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAAc < 1:1622421/150‑1 (MQ=255) ccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACg < 1:513859/150‑1 (MQ=255) ccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACg < 1:508860/150‑1 (MQ=255) ccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACg < 1:508567/150‑1 (MQ=255) ccatCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACg > 1:698532/1‑150 (MQ=255) | TCCTGGCCTGGCTCACCAGGTAATACCCCTTGCCTGTCAGCACCTTCAGCGCAAACGGCATGCACAACCGCCCACCGCGCAGGTCATCGCCAATCAGCGACCAATCGCCGATCGCCACCCCAGTCCCCTGCGAGGCCATGGCCATCGCCATGTCCAGTGTCTCGAAATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGC > NC_002947/1588324‑1588616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |