| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,611,149 | A→T | 5.6% | V324E (GTG→GAG) | PP_1412 ← | 3‑hydroxyisobutyryl‑CoA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,611,149 | 0 | A | T | 5.6% | 315.0 / 6.2 | 103 | V324E (GTG→GAG) | PP_1412 | 3‑hydroxyisobutyryl‑CoA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/48); new base T (3/3); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCGGACCAGCAGGCTAACCCACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGA > NC_002947/1611000‑1611292 | ccGGACCAGCAGGCTAACCCACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGAATTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCa > 1:1996716/1‑150 (MQ=255) gcagGCTAACCCACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCa < 2:261272/150‑1 (MQ=255) cccACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCa > 2:2282707/1‑150 (MQ=255) ccACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGTGCGCGCTCGCCtgct > 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ccACATCAGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTGGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCCCATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAg > 2:2365350/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTg > 1:2273991/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTg > 1:1867845/1‑150 (MQ=255) gCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTggcgg > 1:2171134/1‑150 (MQ=255) gCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTggcgg > 1:72010/1‑150 (MQ=255) 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tttGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATgcgc > 1:2140891/1‑141 (MQ=255) gTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCccagacca < 1:1764287/131‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCccagacca > 2:1764287/1‑131 (MQ=255) tCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGcc < 1:2371331/138‑1 (MQ=255) tCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGcc > 2:2371331/1‑138 (MQ=255) cagcagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAAcc > 2:1704549/1‑150 (MQ=255) gcagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCaa > 2:1259424/1‑44 (MQ=255) gcagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCaa < 1:1259424/44‑1 (MQ=255) cagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTc < 1:1903476/150‑1 (MQ=255) cagGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTc < 2:72010/150‑1 (MQ=255) aagGCGTGCGCGCTCGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACTTGTGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTc > 1:1972901/2‑150 (MQ=255) gcgcgcACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGa < 2:2171134/150‑1 (MQ=255) gcACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGAc < 2:90970/80‑1 (MQ=255) | CCGGACCAGCAGGCTAACCCACATCCGCCAACGGGTGCCGCCCTTCCCACGCCTTGGCAAAATGCGCCTCGACTACCGCCGTCGGCACTTGCGCCACATCAGGCCAGTGCCAGCGCGGCTGGTTGTCTTTGTCCAGCAGGCGAGCGCGCACGCCTTCACTGAATTCAGGGTGGCGGCAACAGTTCAGGCTCATGCTGTATTCCATCTGGAACACCTGCGCCAACGACAGGTACCGCGCCCGGCGGATCTGCTCCCAGACCAGATGCGCCGTCAGCGGGCAACCCTCATGCAGA > NC_002947/1611000‑1611292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |