| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,625,250 | A→C | 13.9% | intergenic (+31/+26) | PP_1425 → / ← nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,625,250 | 0 | A | C | 13.9% | 220.0 / 35.0 | 109 | intergenic (+31/+26) | PP_1425/nadB | hypothetical protein/L‑aspartate oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/46); new base C (10/5); total (57/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-02 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTGC > NC_002947/1625101‑1625399 | gTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGa < 2:2294252/150‑1 (MQ=255)gTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGa > 2:817432/1‑150 (MQ=255) tGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCcgc > 1:220712/1‑150 (MQ=255) tGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCcgc > 2:2233165/1‑150 (MQ=255) ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGa > 2:1361213/1‑150 (MQ=255) ggggAAAGCCAGTGTATACCTCAGCATGCGCTAGAGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGa > 1:1146096/1‑150 (MQ=255) gggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGaa < 1:2208314/150‑1 (MQ=255) gggAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGaa > 2:1142363/1‑150 (MQ=255) cgCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGGGGGTTCTCGTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCa < 2:1146096/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATGGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCac > 1:1166146/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGaa < 1:1129568/142‑1 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGaa > 2:1129568/1‑142 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCacga > 2:2442325/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCAGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGAGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGCTCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCacga < 2:1232092/150‑1 (MQ=255) ataCATCAGGCTGCCCAAGTGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGa > 2:1920338/1‑150 (MQ=255) cTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCGTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCGACGACGCCGATATc > 2:299195/1‑150 (MQ=255) ggATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCagag < 2:2152751/150‑1 (MQ=255) gATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGc > 2:1345490/1‑150 (MQ=255) 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cATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATGGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTg < 2:1166146/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGcc < 2:1829273/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGcc < 1:469215/150‑1 (MQ=255) gcTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGt > 2:290562/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGt > 1:2106061/1‑124 (MQ=255) ttGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGt < 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gCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCtt < 2:73561/125‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCtt > 1:73561/1‑125 (MQ=255) cttctgCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGAtcatca < 2:1954979/150‑1 (MQ=255) ttcttcGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAgtgtgt < 1:1287567/101‑1 (MQ=255) ttcttcGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAgtgtgt > 2:1287567/1‑101 (MQ=255) gccttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGACCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGa < 2:1695049/86‑1 (MQ=38) gccttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGACCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGa > 1:1695049/3‑88 (MQ=38) tcttcGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGc > 1:810979/1‑150 (MQ=255) cttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatcatc > 1:561997/1‑146 (MQ=255) cttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGatcatc < 2:561997/146‑1 (MQ=255) cttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCt > 1:70415/1‑150 (MQ=255) cttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCt > 1:896849/1‑150 (MQ=255) cttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCt > 1:439958/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCa < 1:2283559/77‑1 (MQ=39) ttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTa > 2:1640122/1‑99 (MQ=255) ttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTa < 1:1640122/99‑1 (MQ=255) ttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 2:2288890/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGGCTCG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTc > 2:2208566/1‑150 (MQ=255) tcGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCg < 1:2233165/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCgg < 2:1690561/150‑1 (MQ=255) gAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTg > 2:537855/1‑150 (MQ=255) gAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTg > 1:408140/1‑150 (MQ=255) aG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCTACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTgc < 2:920153/150‑1 (MQ=255) | GTTGGCTGGGGGAAAGCCAGTGTATACCTCAGGATGCGCTAGGGGCTGACGAGCATCGGCGCTTGCGGGTGCGGTTGAAGTTCAGCCGGCGGCGCTGGGCTGCGGTGAGCCGGGCATAGATCGAGACCGGGTTAGCTTCTTCGCGGGCGAG‑CCCGCGAAGGCCACGACGCCGATATCAGAGCGGGTTAAGGATGGTGTCCTTGGCCTCGTCCAGCATCCCTGGATAATCCAGTGTGTAATGCAACCCTCGGCTTTCCTTGCGCTGCATGGCTGACAGGATCATCAGCTCGGCCACTTGC > NC_002947/1625101‑1625399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |