Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,691,706 | C→G | 5.7% | A204A (GCC→GCG) | PP_1487 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,691,706 | 0 | C | G | 5.7% | 387.3 / 12.1 | 122 | A204A (GCC→GCG) | PP_1487 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/57); new base G (4/3); total (62/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.57e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGCATGCCGAGCTGAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGTCTCACAGGC > NC_002947/1691558‑1691849 | tGCATGCCGAGCTGAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGccc < 2:1284420/150‑1 (MQ=255) gCTGAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCg > 2:1837395/1‑150 (MQ=255) tGAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGc > 2:232168/1‑150 (MQ=255) gAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGAACAAAGGCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCt > 1:122962/1‑150 (MQ=255) aaCAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCGGGCCAGCtcgtncag < 2:1499183/150‑8 (MQ=255) aaCAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTg > 1:1778364/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGa < 1:1549686/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGAccc > 2:1825488/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGCAGCGTTTCAGGGGGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCg < 2:1165208/150‑1 (MQ=255) cGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGc < 2:1718068/141‑1 (MQ=255) cGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGc > 1:1718068/1‑141 (MQ=255) cGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATATTCAGGTAACAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCgg > 1:413364/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCAGCCAGCTGCGGATGGACgcgcgcctac > 2:339051/1‑146 (MQ=255) cccGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGccc < 1:229826/122‑1 (MQ=255) cccGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTg < 2:1809328/136‑1 (MQ=255) cccGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTgcg < 1:232168/150‑1 (MQ=255) gTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCGGGCCAGCtcgtcc > 2:1908926/1‑119 (MQ=255) gTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCGGGCCAGCtcgtcc < 1:1908926/124‑6 (MQ=255) gTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTg < 1:1837395/150‑1 (MQ=255) tGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTgg < 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cAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGccc > 2:2157561/1‑62 (MQ=255) cAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGcc > 1:1600878/1‑150 (MQ=255) cAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGcc > 1:1702478/1‑150 (MQ=255) cAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGcc > 2:1334159/1‑150 (MQ=255) cAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGcc > 1:2407355/1‑150 (MQ=255) gCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTa < 2:840616/150‑1 (MQ=255) 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ttCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGcgccg < 1:1825488/150‑1 (MQ=255) ttCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGcgccg > 2:2420339/1‑150 (MQ=255) ggAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCa < 2:1885993/91‑1 (MQ=255) ggAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCa > 1:1885993/1‑91 (MQ=255) gTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCt > 2:1183138/1‑124 (MQ=255) ccTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCt > 2:458474/1‑150 (MQ=255) cTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGc < 1:694870/107‑1 (MQ=255) cTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGc > 2:694870/1‑107 (MQ=255) cTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGACGGAGCGCCGCACGGGCGGCGCTc > 2:2282681/1‑150 (MQ=39) cTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCCGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTc > 1:65521/1‑150 (MQ=255) aCCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCACGGGCGGCGCTcga < 2:1702478/150‑3 (MQ=255) ccTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCg > 2:2301276/1‑90 (MQ=255) ccTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCg < 1:2301276/90‑1 (MQ=255) ccTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGt > 2:215246/1‑150 (MQ=255) cTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTTAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGtc < 2:1670875/150‑1 (MQ=255) ggACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCAc > 1:745855/1‑98 (MQ=255) ggACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCAc < 2:745855/98‑1 (MQ=255) ggACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCCGCGCTCCGtctc > 2:1877828/1‑150 (MQ=255) gccgcaGCTGGCGGGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGtctc > 2:227182/6‑150 (MQ=255) cgcaGCTGGCGGGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCt < 2:678210/109‑1 (MQ=255) gcaGCTGGCGGGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCATCCAACGCCAGCTGGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGTCTcaca > 1:1614011/3‑150 (MQ=37) gAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGTCTCACAg < 1:1359539/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGACGGAGCGCCGCACGGGCGGCGCTcgatct > 1:698040/1‑140 (MQ=38) aGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCg > 1:1776603/1‑141 (MQ=255) tGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTgaga < 1:299943/112‑1 (MQ=255) tGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTgaga > 2:299943/1‑112 (MQ=255) ccGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGACGGAGCGCCGCACGGGCGGCGCTcgatc > 1:1168306/1‑132 (MQ=38) ccGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGACGGAGCGCCGCACGGGCGGCGCTcgatc < 2:1168306/136‑5 (MQ=38) | TGCATGCCGAGCTGAACAAGCCGCTGGACCCGGCCGAAGTGGCCCGCGCTGCGCAAACGCCGGAGATGGCTGCCGAGATGTACCTGGCCAGCGTGATGATGGTCGATCAGGAAAACTTCATGGAGCGTGCCTACCTGGACGAGCTGGCCCGCCAGCTGCGGCTGGACCCGGGCTTGCGCCAGGAACTGGAAAGCCAGGTGCGGTTGGCTGCAGCGTAGTGGCGGTGCTTGCCACGGCCTATTGAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGTGCGGCGCTCCGTCTCACAGGC > NC_002947/1691558‑1691849 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |