Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,698,417 | T→C | 6.6% | R41R (CGT→CGC) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,698,417 | 0 | T | C | 6.6% | 308.8 / 7.6 | 106 | R41R (CGT→CGC) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/50); new base C (4/3); total (53/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTCCACCGGG > NC_002947/1698269‑1698562 | gtgGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGTAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGtt < 1:1819577/150‑1 (MQ=255) gtgGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGtt < 1:1197270/150‑1 (MQ=255) tgGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTg > 2:2439381/1‑150 (MQ=255) 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> 1:1810773/1‑127 (MQ=255) ccTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGa > 2:1540389/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGAc < 1:1403349/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGAc > 1:1806776/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACg > 2:2307203/1‑150 (MQ=255) gCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTg > 1:1019399/1‑129 (MQ=255) 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gtggCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACg > 2:1837397/1‑150 (MQ=255) tggCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACgg > 2:1934256/1‑150 (MQ=255) cGAGGCGGTGCAGCGTTGCTCCGCGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGATCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGaa < 2:1098756/150‑1 (MQ=255) gAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAAc > 1:296459/1‑150 (MQ=255) gAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATCACGGTGATGGAAGTTGCTTAGGCGACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAAc > 1:884965/1‑150 (MQ=255) 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GTGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTCCACCGGG > NC_002947/1698269‑1698562 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |