Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,780,128 | T→A | 13.2% | intergenic (+45/+61) | PP_1587 → / ← dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,780,128 | 0 | T | A | 13.2% | 105.1 / 7.5 | 38 | intergenic (+45/+61) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/19); new base A (3/2); total (17/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 |
ACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCC > NC_002947/1779989‑1780274 | aCCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTgcgctgcgct < 2:557656/150‑1 (MQ=255) tGCATCGTCAGCACCTGGTGGGTGATGATGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGa < 1:1178257/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCTTCTCCCACAGGTACTGCGCCGCGCTTGAAA‑TCa < 1:1663512/150‑1 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAgc < 2:838362/150‑1 (MQ=255) cACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTg > 2:1623711/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAATCTTGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCAGGCGCGCGCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGt < 1:1226965/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTAc < 2:1157353/150‑1 (MQ=255) ggtggGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCt < 2:2160856/150‑1 (MQ=255) ggggATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:616918/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCCAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:1074096/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:634449/150‑1 (MQ=255) ggtgggGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAGC‑GCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGc < 1:340604/150‑1 (MQ=18) ggTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGCGCTTGAAA‑t < 2:1435788/106‑1 (MQ=255) ggTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGCGCTTGAAA‑t > 1:1435788/1‑106 (MQ=255) tatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAgc > 2:297748/1‑99 (MQ=255) tatGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAgc < 1:297748/99‑1 (MQ=255) aCCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 2:1889626/108‑1 (MQ=255) aCCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 1:1889626/1‑108 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:2445087/93‑1 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTgg > 1:2445087/1‑93 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTa < 2:1604400/75‑1 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTa > 1:1604400/1‑75 (MQ=255) 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ccACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCa < 2:2424386/139‑1 (MQ=255) ccACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCa > 1:2424386/1‑139 (MQ=255) cacaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCa > 1:2233527/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc > 2:2442393/1‑92 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc > 1:667267/1‑92 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc < 1:2442393/92‑1 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc < 2:667267/92‑1 (MQ=255) gTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGCATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGCCCAGCGGTGCCACCAGTGCCATCCGCACgcgc > 2:690434/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:2119293/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:1127650/1‑150 (MQ=255) | ACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCC > NC_002947/1779989‑1780274 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |