Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,998,711 | A→T | 7.0% | M271K (ATG→AAG) | rffG ← | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,998,711 | 0 | A | T | 7.0% | 211.0 / 6.9 | 72 | M271K (ATG→AAG) | rffG | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/36); new base T (2/3); total (32/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 |
AGCCGAGCTCCCGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGCCGAACGCACCGGCTTCCAGTACGCGACGGATGCCCGAGCAGTGATCTTCGACATACAGCCAGTCGCGG > NC_002947/1998562‑1998860 | aGCCGAGCTCCCGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCa < 1:2272900/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCTCCCGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCAt < 2:2177966/150‑1 (MQ=255) ccGCGCTACAGCTCGTTCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCCGCGAGCAAATTCGCATGCATGATGCGCTCTGCATACTGTTCGACAGCCCCGCCCTTCGTCTGATTGAGTAGCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCAtc < 1:2387697/150‑1 (MQ=255) gAGCTCCCGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCAtctc > 2:837273/1‑150 (MQ=255) gCTCCCGCTCGTTCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTATGTCTTCTATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCtcgt < 1:746595/150‑1 (MQ=255) cccGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCga < 1:837273/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCgag > 1:1781016/1‑150 (MQ=255) gCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGaa > 2:306306/1‑150 (MQ=255) gCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGaa < 2:1255166/150‑1 (MQ=255) tCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTACGCGATGAGTTCTGCATACGGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCCTATGGTAGGGAAgg < 2:819870/150‑1 (MQ=255) aTCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCTTCTCGACGAGATGGcac < 1:2102628/150‑3 (MQ=255) tCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGc > 1:1570479/1‑150 (MQ=255) gTGCATCGATGGCATAGCGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCTATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCCGTCTTCTGTTTTATTACCTGGCGCTATACGGCGGGTGCCATCTCGTGGAGCAGGCCGCagagcg > 1:1991120/1‑148 (MQ=255) gTGCATCGATGGCATAACTGCGGTTTTGGCGTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGNgtg < 2:1496264/150‑1 (MQ=255) gCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCgag > 1:1747963/1‑134 (MQ=255) gCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCgag < 2:1747963/134‑1 (MQ=255) ggCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCAca‑at < 2:1488019/150‑1 (MQ=255) aaCGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGc > 1:1113805/1‑129 (MQ=255) aaCGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGc < 2:1113805/129‑1 (MQ=255) aCGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCAca‑atgtcaat < 2:1781016/150‑1 (MQ=255) cggTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGTAATGATACGGGGATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTg < 2:2018408/150‑1 (MQ=255) cggTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTg < 2:1570479/150‑1 (MQ=255) cggTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTg < 1:1290405/150‑1 (MQ=255) cggGCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTTGCGCGATCACTCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTg < 1:428055/150‑1 (MQ=255) ggTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTgg > 2:1849361/1‑150 (MQ=255) ggTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTgg > 2:1850409/1‑150 (MQ=255) gTCCTGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGAAAACTATACGTAAAACATTTGATGCTTCTTTTTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGc < 1:877501/150‑1 (MQ=255) gTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGc < 2:1193387/150‑1 (MQ=255) tCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGCTTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCt > 2:192192/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCAca‑atgt < 1:440704/133‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCAca‑atgt > 2:440704/1‑133 (MQ=255) ccTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCa < 1:1850409/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCa < 1:1849361/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCAtt < 1:1782792/150‑1 (MQ=255) gggCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTGGGCTTTTTCATTc > 1:949973/1‑150 (MQ=255) gCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCa < 1:306306/150‑1 (MQ=255) aTGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTg > 1:1644294/1‑90 (MQ=255) aTGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTg < 2:1644294/90‑1 (MQ=255) aTGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGtc < 2:266418/150‑1 (MQ=255) aTGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGtc > 2:311751/1‑150 (MQ=255) ttCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGcc > 1:199592/1‑150 (MQ=255) ttCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGcc > 1:2391831/1‑150 (MQ=255) ttCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGcc > 2:1471467/1‑150 (MQ=255) gCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCga > 2:2268594/1‑73 (MQ=255) gCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCga < 1:2268594/73‑1 (MQ=255) gCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGCCGAAc > 1:812992/1‑150 (MQ=255) cGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGCCGAACGCACCGGCtt > 2:2208743/1‑150 (MQ=255) gACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGCCGAACGCACCGGCTTc < 1:1471467/150‑1 (MQ=255) gACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCGGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCCGTGGTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAAGGTTGTACGTCTCGCCGAACGCACCGGCTTc > 1:25837/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCTTCTCGACGAGATGGca < 2:1461715/66‑2 (MQ=38) aGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCTTCTCGACGAGATGGca > 1:1461715/1‑65 (MQ=38) aGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCTTCTCGACGAGATGGca < 2:1461746/66‑2 (MQ=38) aGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCTTCTCGACGAGATGGca > 1:1461746/1‑65 (MQ=38) 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AGCCGAGCTCCCGCTCGATCTTGCGTGCATCGATGGCATAACGGCGGTCATGGCCTGGGCGGTCGGTTACGTAGGCGATGAGTTCTGCATACTGTTCGACAGGCTCGCCGGTCTTCTGATTGATTACCTGGCGCGATGCCGCAGGTGCCATCTCGTCGAGAAGGCTGCAGAGTGTACGCACA‑ATGTCAATGTTGGCTTTTTCATTCCAGCCGCCAATATTGTACGTCTCGCCGAACGCACCGGCTTCCAGTACGCGACGGATGCCCGAGCAGTGATCTTCGACATACAGCCAGTCGCGG > NC_002947/1998562‑1998860 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |