| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,141,427 | T→A | 10.4% | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,141,427 | 0 | T | A | 10.4% | 341.8 / 26.3 | 115 | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/49); new base A (5/7); total (59/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGC > NC_002947/2141279‑2141574 | ccTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTg > 2:563026/1‑150 (MQ=255) gggTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCg > 2:1388609/1‑150 (MQ=255) tCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGa < 1:2290672/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑ATTGCCGTTAGCATAGCTTGGCACGCGGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGctc > 1:1742991/1‑150 (MQ=255) cGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGctct < 2:637111/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTctg > 2:1438856/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGTGGA‑AATAGCGATACGGTGGCTGGTCACGCTGATGTTGACGCTGGCGGGAGTTGGCGAGGCGTTGCTctggctg > 1:1224426/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGc > 2:725321/1‑102 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGc < 1:725321/102‑1 (MQ=255) tGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAg > 1:1473149/1‑150 (MQ=255) gC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGt < 2:2152790/150‑1 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTg > 2:1460127/2‑150 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGgtg < 1:1704482/119‑1 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGgtg > 2:1704482/1‑119 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGACTCAGTGAGCCGCTGGCCAACCCTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCGGGCTGGGGGGTgg > 1:548000/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCt > 1:697464/1‑98 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCt < 2:697464/98‑1 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGtt < 1:1137364/131‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgc < 1:563026/150‑1 (MQ=255) | GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGC > NC_002947/2141279‑2141574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |