| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,347,663 | G→C | 8.3% | V307V (GTG→GTC) ‡ | PP_2064 → | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,347,663 | 0 | G | C | 8.3% | 251.6 / 13.5 | 85 | V307V (GTG→GTC) ‡ | PP_2064 | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/32); new base C (5/2); total (50/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
AGTTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCA > NC_002947/2347515‑2347812 | aGTTGCGGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGa < 1:597132/150‑1 (MQ=255) aGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCggg > 1:1522794/1‑150 (MQ=255) gggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCGTTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCa < 1:2344939/150‑1 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGTCGTTCCGGGTGCat < 2:1909791/150‑2 (MQ=255) ccGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCACTGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCg > 1:624088/1‑150 (MQ=255) cGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCAGGGTGCAGGTAACCACCGGTGa < 2:1108628/150‑1 (MQ=255) gCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAgcg > 1:1601448/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTgg < 1:1655262/150‑1 (MQ=255) tGGATGCTGCGACGCCGTCCACCGGCCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGc < 2:551281/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAgg < 2:1854701/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACACGGGTGAGCCGGGTGCAGTTAACCACCGGTTAGCGCTGGCAggg < 2:627689/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTg < 2:1601448/150‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCAc > 1:2331884/1‑150 (MQ=255) aCCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCAcc > 1:1534516/1‑150 (MQ=255) tGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAg > 1:227798/1‑101 (MQ=255) tGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAg < 2:227798/101‑1 (MQ=255) tGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGcc > 1:1811629/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGt < 1:1267086/93‑1 (MQ=255) cGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGt > 2:1267086/1‑93 (MQ=255) cGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGGGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATAACCTCCGGCCTGACGCCCg > 1:2093355/1‑150 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAg < 2:775460/91‑1 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAg > 1:775460/1‑91 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGTGAACCGCCGGTGGGCGCTTGCTTGTGCTGTTTTAAAGCACCGCCGGCCTTAAGCCCgg > 2:1706082/1‑150 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCgg > 1:187883/1‑150 (MQ=255) gAAACCGCGATCACATACACCGCCTATGGGCCGACCATGTTTGTCGCGACCCAGGGCCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGt < 2:624088/150‑1 (MQ=255) cccGCGATCACCTCCACCGCCTAGGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAc < 2:1187788/149‑1 (MQ=255) ccGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGAGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAcc > 1:1333143/1‑150 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCg > 1:2449008/1‑150 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGCGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAccc > 1:509153/1‑149 (MQ=255) aTCACCTACACCGCCTATGGGTAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGtgtg < 2:779364/150‑1 (MQ=255) aCCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTgtggtg < 1:1374306/150‑1 (MQ=255) ccTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGtggtgg < 2:1522794/150‑1 (MQ=255) cTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTggtggt < 2:1755465/150‑1 (MQ=255) cTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTggtggt > 2:36775/1‑150 (MQ=255) cacCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGa < 1:1356069/62‑1 (MQ=255) cacCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGa > 2:1356069/1‑62 (MQ=255) acCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCgg < 1:2384986/102‑1 (MQ=255) acCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCgg > 2:2384986/1‑102 (MQ=255) acCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTcc > 1:748369/1‑150 (MQ=255) ccGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCgtg > 2:464594/1‑138 (MQ=255) ccGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCgtg < 1:464594/138‑1 (MQ=255) ccGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCg > 2:1712532/1‑150 (MQ=255) ccGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGAACCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGTTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCg > 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cGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGa > 2:1862022/1‑150 (MQ=255) tgtTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTg > 2:2391619/1‑150 (MQ=255) tgtTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTg > 1:2304856/1‑150 (MQ=255) tCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCa > 2:1155275/1‑150 (MQ=255) tCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCa > 2:1630435/1‑150 (MQ=255) 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tacctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCCGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGgc > 1:771744/6‑150 (MQ=255) caTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGgcg < 2:187883/150‑1 (MQ=255) tGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGCGCCCggttcgca > 2:662174/1‑143 (MQ=255) gggCACCCGGGGTGGCCGGGTGCAGGTACCCACCGGTGAGCGCTGGCGGGCGTCGGTGACGATGTCCCCGTGCCTGAGACCGGGGGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAGACTGAGTGATGGCATGCCGTTCGAGCCCGTGGCGCa < 2:509153/149‑1 (MQ=255) ctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGa > 2:2276995/3‑138 (MQ=255) ctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGa < 1:2276995/136‑1 (MQ=255) tgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGa > 2:2031391/2‑118 (MQ=255) tgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGa < 1:2031391/117‑1 (MQ=255) tgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAg > 2:1933955/2‑150 (MQ=255) gCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAgg < 2:1333143/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAg > 1:1492099/1‑150 (MQ=255) 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AGTTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCA > NC_002947/2347515‑2347812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |