Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,351,640 | C→G | 10.4% | V33V (GTG→GTC) | PP_2066 ← | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,351,640 | 0 | C | G | 10.4% | 356.0 / 27.3 | 115 | V33V (GTG→GTC) | PP_2066 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/55); new base G (8/4); total (56/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAG > NC_002947/2351495‑2351789 | tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGt < 1:994905/150‑1 (MQ=255) tgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGc < 1:2109791/150‑1 (MQ=255) tgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGc > 1:749580/1‑150 (MQ=255) ccACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCTATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGc < 2:1785959/150‑1 (MQ=255) ccACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGc > 2:1789738/1‑150 (MQ=255) ccccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 2:1474037/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg > 1:465218/1‑150 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 1:1768567/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGc < 1:2285176/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGc > 1:2321317/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACGCGATTGCGCAGCCACTCCCGACACGACGCGATCAACTGCTCGTTAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATc < 2:123181/150‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt < 1:1677306/150‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt > 2:1672047/1‑150 (MQ=255) ccACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAAATGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt > 1:1004885/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGc > 2:1278248/1‑150 (MQ=255) gcTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCa > 1:536755/1‑150 (MQ=255) cTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCaa < 1:1672047/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCaa > 2:2037433/1‑150 (MQ=255) 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cAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGAAGTAGTCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTgg > 1:1344870/1‑150 (MQ=255) aaCTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTggg < 1:2037433/150‑1 (MQ=255) tGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCttt > 1:2242274/1‑123 (MQ=255) tGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCttt < 2:2242274/123‑1 (MQ=255) gTCGATAGTGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCAt > 1:2290009/1‑150 (MQ=255) gTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCAt > 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acgcacCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCgg > 2:890711/1‑150 (MQ=255) ccGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc < 1:443172/149‑1 (MQ=255) ccGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc > 2:443172/1‑149 (MQ=255) agtgtGCCGACTCACCGTGTAAAGGTCGCACAGCTGGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGc > 2:1272270/2‑150 (MQ=255) gtgCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCaa < 2:1621768/150‑1 (MQ=255) tgCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAgc 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cTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCa > 2:54217/1‑125 (MQ=255) cTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCa < 1:54217/125‑1 (MQ=255) gAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAAt > 2:280644/1‑150 (MQ=255) gAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAAt < 1:895176/150‑1 (MQ=255) tacccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGAGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc > 1:1006981/5‑111 (MQ=37) tacccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGAGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc < 2:1006981/107‑1 (MQ=37) aaCTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATg < 1:295703/150‑1 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGTCCGAATGCCg > 1:366470/2‑150 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCg > 1:495435/2‑150 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCg > 1:546682/2‑150 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAAtt < 1:769103/114‑1 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAgt < 1:1941951/129‑1 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGa > 2:1657299/1‑150 (MQ=255) cggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGa > 1:1034913/1‑150 (MQ=255) ggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGaa < 1:75644/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTc > 2:2176083/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTc > 2:1414042/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCACGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGaa > 1:999259/1‑145 (MQ=255) cagcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTcc < 1:121215/150‑1 (MQ=255) cTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTggg > 2:1191468/1‑72 (MQ=255) cTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTggg < 1:1191468/72‑1 (MQ=255) tGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATc > 1:2235617/1‑104 (MQ=255) cACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTaa < 1:1927921/114‑1 (MQ=255) cACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTaa > 2:1927921/1‑114 (MQ=255) cACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAg > 2:1854423/1‑150 (MQ=255) | GGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAG > NC_002947/2351495‑2351789 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |