| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,376,752 | 0 | G | A | 10.7% | 285.2 / 19.0 | 111 | intergenic (+70/‑135) | PP_2083/PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/49); new base A (4/8); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GGTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTACGT > NC_002947/2376604‑2376900 | ggtggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAGCCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGc < 1:1455920/150‑1 (MQ=255) gtggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCa < 2:1073460/150‑1 (MQ=255) cgggACCGCGGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTTATTGCCTCTTCGCGGGTGCACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCa < 2:257468/148‑1 (MQ=255) 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gcgcgTTCCTGTG‑AGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgc > 1:1585820/1‑150 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACTGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAg > 1:2277350/3‑102 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACTGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAg < 2:2277350/100‑1 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGAt > 2:1005646/3‑77 (MQ=255) cccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGAt < 1:1005646/75‑1 (MQ=255) gcgTTCCTGTGCCGGCACGGGTCATGCATGGAAGGGTCGATACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca < 2:2358236/150‑1 (MQ=255) cgTTCCTGTG‑AGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgcagc < 2:1585820/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTAc < 1:562158/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTAc < 2:1740506/150‑1 (MQ=255) tgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTACGt > 1:2036317/1‑150 (MQ=255) tgCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTACGt > 1:2313718/1‑150 (MQ=255) | GGTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATTACGT > NC_002947/2376604‑2376900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |