| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,388,379 | C→G | 6.0% | intergenic (+73/+71) | pyrD → / ← rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,388,379 | 0 | C | G | 6.0% | 287.8 / 6.5 | 93 | intergenic (+73/+71) | pyrD/rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/40); new base G (3/3); total (50/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAC > NC_002947/2388234‑2388526 | cTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGAGGACATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAgg > 1:62809/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAggg > 1:1010140/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAggg > 2:59098/1‑150 (MQ=255) cTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCAAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTGAAGGGGccct < 2:2443143/150‑2 (MQ=255) cTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGACCTCCGCGGTGGGGGAGACGGCGGGAACCCAGGCGGAGCTTGGCCGAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGcccc > 1:534384/1‑150 (MQ=255) cATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 2:702480/150‑1 (MQ=255) cATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 1:275149/150‑1 (MQ=255) aTCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTggg > 2:1581226/1‑150 (MQ=255) aTCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTggg < 1:59098/150‑1 (MQ=255) tCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGGCCCCTTGAAGGGGcccttttt > 2:2093376/1‑145 (MQ=255) tCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGc > 1:1328613/1‑150 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGGCCCCTTGAAGGGGccctttttta < 1:2093376/150‑8 (MQ=255) cAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTc < 1:1561545/150‑1 (MQ=255) aaaaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTc > 1:1016415/2‑150 (MQ=255) aaaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg > 2:2377038/1‑143 (MQ=255) aaaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTgg < 1:2377038/143‑1 (MQ=255) gATTCGCGAAGCTGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGATTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGAt < 2:1328613/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGAAGCGTTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATg < 2:215355/150‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGGGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGACCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGGGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCGAAGGGATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGGCGCCCGGATGGGGc > 2:1036795/1‑150 (MQ=255) cGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATgcggcgcgttt < 2:1808582/150‑6 (MQ=255) ggTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATg < 2:1992951/150‑1 (MQ=255) ggTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATg > 1:1992951/1‑150 (MQ=255) tGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGt > 1:1008507/1‑150 (MQ=255) gATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCCCACGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTaa > 1:1567568/1‑150 (MQ=255) aTGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTaaa > 1:2282897/1‑150 (MQ=255) tGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGAGCAGCGCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAAt > 1:1775373/1‑150 (MQ=255) gCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCg < 2:354178/150‑1 (MQ=255) tATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGa > 2:475864/1‑150 (MQ=255) accgcgGCATTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTaa > 2:72426/3‑144 (MQ=255) accgcgGCATTGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTaa < 1:72426/142‑1 (MQ=255) aTCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCAt > 2:136070/1‑139 (MQ=255) aTCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCAt < 1:136070/139‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGcccc > 1:1875657/1‑103 (MQ=255) tCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGcccc < 2:1875657/103‑1 (MQ=255) 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tgatgaGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGaa > 1:804747/1‑93 (MQ=255) gatgaGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCgg > 1:469143/1‑150 (MQ=255) atgaGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGt > 2:1271263/1‑150 (MQ=255) atgaGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGt < 2:1091469/150‑1 (MQ=255) gaGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATTGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGc < 1:710365/150‑1 (MQ=255) gTTTGCCAAGGCATAAGAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCa > 2:1739660/1‑74 (MQ=255) 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2:1184774/150‑1 (MQ=255) tAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCa > 2:2220368/1‑150 (MQ=255) tAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCa < 2:1604168/150‑1 (MQ=255) aaaaaa‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGACACCATCGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAg > 2:2017300/1‑150 (MQ=255) ccaggggCCCCTTGAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGAt < 1:989957/116‑1 (MQ=255) ccaggggCCCCTTGAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGAt > 2:989957/5‑120 (MQ=255) caggggCCCCTTGAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTa > 1:730511/4‑150 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGt < 2:2006307/99‑1 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGt > 1:2006307/1‑99 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACcgc < 1:972213/150‑1 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACcgc > 1:1012725/1‑150 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACcgc < 1:714773/150‑1 (MQ=255) cccTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCCCGCACAGCCAACGGCGTGATTTTAGTTGAATATTGGCATTCCTGCTGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACcgc > 1:1115971/1‑150 (MQ=255) cTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACagcaa > 2:1450312/1‑148 (MQ=255) ttCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGTAGAAGATATCTAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAc < 2:62809/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAc > 2:1140198/1‑150 (MQ=255) | CTCGGGCTTCATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAA‑GGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCGAC > NC_002947/2388234‑2388526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |