| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,732,664 | A→T | 6.0% | Q653L (CAG→CTG) | polB → | DNA polymerase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,732,664 | 0 | A | T | 6.0% | 259.8 / 5.8 | 85 | Q653L (CAG→CTG) | polB | DNA polymerase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/40); new base T (2/3); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
CCTGATGCCCACCATCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTACCAGCGCAACGTGC > NC_002947/2732515‑2732813 | ccTGATGCCCACCATCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCcagca < 2:1762390/150‑1 (MQ=255)ccTGATGCCCACCATCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCcagca < 1:327851/150‑1 (MQ=255) cTGATGCCCACCATCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGCCGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCTCCGCTGGCCCGGCAGTTCcagcag < 2:471678/150‑1 (MQ=255) 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caccaTCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTa > 1:1539442/1‑150 (MQ=255) caccaTCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCCGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTa > 2:2241850/1‑150 (MQ=255) accaTCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCTGCTGGAActgccg < 1:1877878/150‑5 (MQ=255) accaTCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTAc < 1:2157661/150‑1 (MQ=255) accaTCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTAc < 2:1806306/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCgctggct < 1:1925695/150‑1 (MQ=255) cccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGAtt > 2:679749/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTggc < 1:2194727/90‑1 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTggc > 2:2194727/1‑90 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAActgctg < 2:1895458/112‑1 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAActgctg > 1:1895458/1‑112 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCaa > 2:1237209/1‑123 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCaa < 1:1237209/123‑1 (MQ=255) ccGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTa > 1:1195436/1‑150 (MQ=255) gtagaGTTCCTGCTGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCAc > 2:2429068/5‑83 (MQ=255) gtagaGTTCCTGCTGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCAc < 1:2429068/79‑1 (MQ=255) tagaGTTCCTGCTGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTAcc > 2:2125390/4‑150 (MQ=255) ttCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTg > 2:1585120/1‑123 (MQ=255) ttCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTg < 1:1585120/123‑1 (MQ=255) cagcagGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTACCAGCGCAAc > 1:1256238/1‑150 (MQ=255) cagGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGAGGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTACCAGCGCAACGTg > 2:801838/1‑150 (MQ=255) agGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGcc < 2:2036228/114‑1 (MQ=255) agGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGcc > 1:2036228/1‑114 (MQ=255) agGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGATCCAATCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTACCAGCGCAACGTgc < 1:1819400/150‑1 (MQ=255) | CCTGATGCCCACCATCCGCGGCACCGACGAGGGCAGCAAGAAGCGCTATGCCGGCCTGGTGCAGCGGGCCGACGGTGCTGAAGAAATGGTTTACAAGGGCCTGGAGTCGGTGCGCACCGACTGGTCACCGCTGGCCCGGCAGTTCCAGCAGGAACTCTACGGCCGTGTGTTCCGCAGCGAGCCCTACCGTGATTATGTCCGCGAGTATGTACGGCGCACGTTGGCGGGCGAGCAGGACGAACTGCTGGTTTATCGCAAGCGCCTGCGTCGCCCGCTGGCTGATTACCAGCGCAACGTGC > NC_002947/2732515‑2732813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |