| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,733,953 | G→T | 5.2% | V270L (GTG→TTG) | PP_2394 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,733,953 | 0 | G | T | 5.2% | 244.3 / 2.1 | 77 | V270L (GTG→TTG) | PP_2394 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/37); new base T (2/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
TGGTGGCGCTGTGCACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAACGCCTGCGCGAAGATGACTACCGGCGCTTCTTCAACCGCTTCGTGCGCCGACGCGATAGCCA > NC_002947/2733804‑2734101 | tggtggCGCTGTGCACCAAGGACACGCTCGGTAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGcgcg < 1:969362/150‑1 (MQ=255) gcTGTGCACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGt > 2:385870/1‑150 (MQ=255) gtgCACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTa < 2:678873/150‑1 (MQ=255) cACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGt > 2:1072484/1‑150 (MQ=255) cACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGt > 2:1072758/1‑150 (MQ=255) aCCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGt > 2:929716/1‑143 (MQ=255) aCCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGt < 1:929716/143‑1 (MQ=255) aCCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTa > 2:1787416/1‑150 (MQ=255) cAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTAcc > 1:1137917/1‑150 (MQ=255) cAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTAcc > 1:1138038/1‑150 (MQ=255) cAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTAcc > 1:1714269/1‑150 (MQ=255) aaGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCg < 2:1595437/150‑1 (MQ=255) ttgACACTCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCgg < 2:854235/148‑1 (MQ=255) ggACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCggg > 1:1620291/1‑150 (MQ=255) cacGCTCGGCCAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGa < 1:1563982/150‑1 (MQ=255) acGCTCAGTAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGGACGGGATT‑‑TCAGACGTGTGCTATTAAGTCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGAc < 1:876073/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGAccc > 2:679592/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGAGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCt > 1:275065/1‑150 (MQ=255) 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cAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCCCCGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGAt > 2:1797015/1‑150 (MQ=255) ggTTGG‑CCGTGTTCGGATGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGGAGCGACCTGGAAGAtt < 2:1221493/149‑1 (MQ=255) aGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGAtt > 2:12067/1‑150 (MQ=255) aGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGAtt < 1:385870/150‑1 (MQ=255) aGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGAtt < 1:1693500/150‑1 (MQ=255) 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gCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTg < 1:1219681/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTgg > 1:2266180/1‑150 (MQ=255) cGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGc > 1:2311104/1‑150 (MQ=255) tGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGCCGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGCAACCTTGGGTGTGCGCATCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAAc < 1:298951/150‑1 (MQ=255) tGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAAc < 2:2266180/150‑1 (MQ=255) 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gcgTGCTGGTCTATGTACCTGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAACGCCTGCGCGAAGATGACTACCGGCGCTTCTTCAACCGCTTCGTGCGCCGACGCGATAGcc > 1:2019925/1‑150 (MQ=255) gcgTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGCTTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAACGCCTGCGCGAAGATGACTACCGGCGCTTCTTCAACCGCTTCGTGCGCCGACGCGATAGcc > 1:665763/1‑150 (MQ=255) cgTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCCCGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAACGCCTGCGCGAAGCTGACTACCGGCGCTTCTTAAGCTGCTTCGTGCGCCGACGCGATAGCCa < 1:438706/150‑1 (MQ=255) | TGGTGGCGCTGTGCACCAAGGACACGCTCGGCAAGCTCGAAGGCGCCTCGGTTCGCGTACGCCAGTTGG‑CGGTGTTCGGTTGCCGCTTGC‑AGCAAATCGTCGTGCTGGACGTGATCGACGCAGGCTTGCTGTTCAACACCAGCAAGCGCGTGCTGGTCTATGTACCGGGTGACCCGCACGGCCCCTGGAGCGTGCGCAGCGACCTGGAAGATTATGCCCGCCGGGTGCTTGGCAAACGCCTGCGCGAAGATGACTACCGGCGCTTCTTCAACCGCTTCGTGCGCCGACGCGATAGCCA > NC_002947/2733804‑2734101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |