| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,981,035 | C→G | 8.0% | G458A (GGC→GCC) | PP_2607 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,981,035 | 0 | C | G | 8.0% | 305.8 / 14.7 | 100 | G458A (GGC→GCC) | PP_2607 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/50); new base G (5/3); total (47/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTTGGTCACCAGGCCACGGGCTGAACCGAGGTCGCCGGTGTGAATGCGGATGGCGTAGAACGGCCCCTTGGTAAGGGGTGCCAAGCATGGGTTGGGCGTATGTTGTGGGTCGCCCATGTAGCGGTTGTAACTGTTGCCGCCTTTGCCAAAGGCGTGGTCGATGCCATTGCCGGCATCGCTGTTGAACTGTGAAAGTGTTTGCGCAAACACCTGTGGATCGACGCCGATGGCCAGGGCCAGTGCCTGCGATGTGGTGGCCCGGTACAGGTAGCCTGCGTCGATCAACGCCTGGTTG > NC_002947/2980890‑2981184 | gTTGGTCACCAGGCCACGGGCTGAACCGAGGTCGCCGGTGTGAATGCGGATGGCGTAGAACGGCCCCTTGGTAAGGGGTGCCAAGCATGGGTTGGGCGTATGTTGTGGGTCGCCCATGGAGCGGTTGTAACTGTTGCCGCCTTTGCCaaa > 2:186954/1‑150 (MQ=255) ttGGTCACCAGGCCACGGGCTGAACCGAGGTCGCCGGTGTGAATGCGGATGGCGTAGAACGGCCCCTTGGTAAGGGGTGCCAAGCATGGGTTGGGCGTATGTTGTGGGTCGCCCATGTAGCGGTTGTAACTGTTGCCGCCTTTGCCAAAg < 2:1143577/150‑1 (MQ=255) gTCACCAGGCCACGGGCTGAACCGAGGTCGCCGGTGTGAATGCGGATGGCGTAGAACGGCCCCTTGGTAAGGGGTGCCAAGCATGGGTTGGGCGTATGTTGTGGGTCGCCCATGTAGCGGTTGTAACTGTTGCCGCCTTTGCCAAAGGCg > 2:1556996/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |