| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,024,351 | T→A | 6.1% | intergenic (+123/+31) | dapA‑II → / ← PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,024,351 | 0 | T | A | 6.1% | 188.1 / 3.6 | 66 | intergenic (+123/+31) | dapA‑II/PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/32); new base A (2/2); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
AGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACAGAAGACAATG > NC_002947/3024202‑3024500 | aGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCAAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCt > 2:2027107/1‑150 (MQ=255) gccgggtTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGGTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTGGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCg < 2:884179/145‑1 (MQ=255) tgtgTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGc < 1:1405993/150‑1 (MQ=255) tgtgTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGc > 2:785298/1‑150 (MQ=255) tCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCAAAGCGGCCCTgg < 2:1020156/150‑2 (MQ=255) cACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCAAAGCGGCCCTggc < 1:1538920/150‑3 (MQ=255) aatCGGCGCCAGAAGCGGCAACGGTTAATGGCGGGATGAAAAGCCGCCACAACCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGAGGATGCCTCGCGAGAGGATTTCTGCCAACAACGCGCTGAGACAGAGTATTGACAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcg > 2:2334582/3‑150 (MQ=255) cTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcgc < 2:1219113/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcgcg > 2:2087728/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTcgcg > 2:581118/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGa < 1:482650/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAcc > 2:2444436/1‑150 (MQ=255) gcCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGAcccc > 2:52174/1‑150 (MQ=255) tGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCAAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAgg < 1:2027107/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTAc < 2:861537/150‑1 (MQ=255) aagggtgtGGCGGCTTGTCAACCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACg > 1:1633033/8‑150 (MQ=255) gTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCCAACCCTTGGTCGGTTCGGGGTCCGCGGCTCCCTCGCGAGCTGATTTCTCCCAGCGACCCGCTCGGACAGAATTTTGCTAGCGCCGCTTGGCGCCCCTGTAGCGACCCCTGGTTTCTCCTACgct < 2:1067653/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgct < 2:2299407/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgctggct < 1:581118/150‑1 (MQ=255) ggCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGctggctgg < 1:106766/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGTTTACGCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTggg > 2:335352/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTggg > 2:578881/1‑150 (MQ=255) gTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCgg < 1:52174/150‑1 (MQ=255) 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aGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgcgc < 1:785298/150‑1 (MQ=255) gccACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTc < 2:1787216/104‑1 (MQ=255) gccACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTc > 1:1787216/1‑104 (MQ=255) acacCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCa > 1:839954/1‑150 (MQ=255) acCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCa > 2:754977/1‑136 (MQ=255) acCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCa < 1:754977/136‑1 (MQ=255) acCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATc < 2:1633033/150‑1 (MQ=255) acCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATc > 1:633102/1‑150 (MQ=255) cTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGc > 1:1587555/1‑150 (MQ=255) ttggttggTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGt < 1:2378690/94‑1 (MQ=255) ttggttggTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGt > 2:2378690/1‑94 (MQ=255) gttCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATacac < 2:633102/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCg < 1:1152105/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGCTATCTTGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCg < 1:1145910/150‑1 (MQ=255) cggATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCGCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCaaa < 1:670473/150‑1 (MQ=255) tGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCa < 2:2282765/150‑1 (MQ=255) cTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCTGCATGCTCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCAccc > 2:2098476/1‑150 (MQ=255) gCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgctggctg > 1:1337467/1‑91 (MQ=255) gCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACgctggctg < 2:1337467/91‑1 (MQ=255) ccAGCAACGCGCTGAGACAGGGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATacac > 2:1812258/1‑113 (MQ=255) ccAGCAACGCGCTGAGACAGGGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATacac < 1:1812258/113‑1 (MQ=255) ccAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCTAGGGCCGCTTTGAGGCCCTGTCGCGACCCCAGGCTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCCGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCCAGCTCACCCACGTCGCCTGCCCGGGTg > 2:518068/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTg > 1:1585513/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTg > 2:738144/1‑150 (MQ=255) cAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGc < 1:738144/150‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGcc < 1:377851/150‑1 (MQ=255) tGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGt < 2:343248/150‑1 (MQ=255) agaCAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTg < 1:896070/150‑1 (MQ=255) gaCAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTgg < 2:1585513/150‑1 (MQ=255) aCAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACt < 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AGCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACAGAAGACAATG > NC_002947/3024202‑3024500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |