| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,064,681 | G→C | 6.5% | S169S (TCG→TCC) ‡ | PP_2676 → | substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,064,681 | 0 | G | C | 6.5% | 335.1 / 11.9 | 108 | S169S (TCG→TCC) ‡ | PP_2676 | substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/53); new base C (3/4); total (51/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCGACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCA > NC_002947/3064533‑3064826 | ccGACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCgg > 1:991656/1‑150 (MQ=255)ccGACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCgg > 1:1430143/1‑150 (MQ=255) gACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTg > 1:870893/1‑150 (MQ=255) cTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGcc > 2:150163/1‑150 (MQ=255) tgatgaTGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCa < 2:1427862/150‑1 (MQ=255) atgatgCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgt < 2:761150/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcgcg < 2:119016/150‑1 (MQ=255) gCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTAtt > 1:641997/1‑150 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGTCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgt > 1:738080/1‑136 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTGTTCca > 1:2052648/1‑150 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca > 2:113473/1‑150 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca < 2:1611947/150‑1 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCca < 2:410005/150‑1 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgt < 2:738080/136‑1 (MQ=255) tACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGCTC‑GCCGGCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCcag < 2:763557/150‑1 (MQ=255) tACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCcag < 1:1044739/150‑1 (MQ=255) cGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCcagca < 1:113473/150‑1 (MQ=255) aTCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCagcagc > 1:1611274/1‑150 (MQ=255) gcCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCt > 2:907390/1‑150 (MQ=255) ccTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTa > 2:2223576/1‑150 (MQ=255) ccTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTa > 2:2223798/1‑150 (MQ=255) tACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATc < 2:475854/150‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCg < 1:497273/150‑1 (MQ=255) 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< 1:2268803/106‑1 (MQ=255) aGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAgtgt > 2:2268803/1‑106 (MQ=255) cTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTg < 2:2135192/150‑1 (MQ=255) tGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTACAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGc > 1:986338/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GAACTAGACTGGCCTCGGCAACATTGGTTGCGGTATGCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCcgtcg < 1:1487127/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtc > 1:1587924/1‑94 (MQ=255) gCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtc < 2:1587924/95‑2 (MQ=255) tGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCTGTCGTT‑Ct > 2:1312546/1‑150 (MQ=255) ggAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtc < 1:7995/92‑2 (MQ=255) ggAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgtc > 2:7995/1‑91 (MQ=255) gAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGcc < 2:2428351/140‑1 (MQ=255) gAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGcc > 1:2428351/1‑140 (MQ=255) gAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTAc < 1:1410701/150‑1 (MQ=255) aaaCGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcgcg > 1:949662/1‑94 (MQ=255) aaaCGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcgcg < 2:949662/94‑1 (MQ=255) gCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTTGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACa > 2:478779/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGc > 1:71222/1‑80 (MQ=255) gCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGc < 2:71222/80‑1 (MQ=255) ccAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGcc < 1:1068230/132‑1 (MQ=255) ccAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGcc > 2:1068230/1‑132 (MQ=255) ccAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATc > 1:67002/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATc > 1:576107/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCg < 2:1661493/150‑1 (MQ=255) tggtgATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGgtgt < 2:67002/150‑1 (MQ=255) gtgATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTc > 1:1222046/1‑150 (MQ=255) 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2:576107/150‑1 (MQ=255) agGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGa < 1:2140062/150‑1 (MQ=255) ggAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcgcg < 2:211753/58‑1 (MQ=255) gAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGAcc > 2:675661/1‑150 (MQ=255) gCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACcca < 1:592732/150‑1 (MQ=255) gCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACcca < 1:1827921/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTa < 1:1397925/150‑1 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gATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTgcag > 2:1986058/1‑150 (MQ=255) aTC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTgcagc > 1:2082529/1‑150 (MQ=255) c‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGcagcag < 1:2223576/150‑1 (MQ=255) c‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGcagcag < 1:2223798/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAgg < 2:460808/150‑1 (MQ=255) 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gCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGcc > 2:250494/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCa > 2:770680/1‑148 (MQ=255) | CCGACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCA > NC_002947/3064533‑3064826 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |