| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,064,683 | T→A | 6.5% | V170E (GTG→GAG) | PP_2676 → | substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,064,683 | 0 | T | A | 6.5% | 322.6 / 10.0 | 109 | V170E (GTG→GAG) | PP_2676 | substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/53); new base A (3/4); total (51/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATGCAGG > NC_002947/3064535‑3064832 | gACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTg > 1:870893/1‑150 (MQ=255) cTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGcc > 2:150163/1‑150 (MQ=255) tgatgaTGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCa < 2:1427862/150‑1 (MQ=255) atgatgCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgt < 2:761150/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTcgcg < 2:119016/150‑1 (MQ=255) gCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTAtt > 1:641997/1‑150 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGTCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCACCGAGGCCAgt > 1:738080/1‑136 (MQ=255) ttACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTGTTCca > 1:2052648/1‑150 (MQ=255) 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tACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCcag < 1:1044739/150‑1 (MQ=255) cGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCcagca < 1:113473/150‑1 (MQ=255) aTCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCagcagc > 1:1611274/1‑150 (MQ=255) gcCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCt > 2:907390/1‑150 (MQ=255) ccTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTa > 2:2223798/1‑150 (MQ=255) 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c‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGcagcag < 1:2223576/150‑1 (MQ=255) c‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGcagcag < 1:2223798/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAgg < 2:460808/150‑1 (MQ=255) gTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCtt > 2:2237141/1‑150 (MQ=255) tCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCttt < 2:302630/150‑1 (MQ=255) aCTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGc < 2:2399441/150‑1 (MQ=255) aCTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGc < 2:2082529/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACATGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCt > 1:566013/1‑150 (MQ=255) gCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGcc > 2:250494/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCa > 2:770680/1‑148 (MQ=255) gTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATGCAg < 1:2237141/150‑1 (MQ=255) tGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATGCAgg < 2:1430143/150‑1 (MQ=255) | GACCTGATGATGCGGGTGCCTTACGATCGCGCCTACGCGCAGCGGCGCAACGAGCTGGGGGAGCTGGAAAACGCCCAGGTGGTGATGTTCGGCCCCTATCAGCAGGAGCGTTGGCAGGTGGCCTACGATC‑GCCGTCGACTGGCCTCGGTGGCCAGTGTCGCGGTATTCCAGCAGCATCCTATCGGGGTCGAGGTGGACAGCGTGCCGTCGTT‑CTACCTGACATCGGTGTTCAACGGCATGCTCAGCGCCAGGACCCACCATTACCCCGGCGTGCAGCAGGCTTTCGCTGCCATGCAGG > NC_002947/3064535‑3064832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |