| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,199,450 | C→G | 10.5% | A36A (GCG→GCC) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,199,450 | 0 | C | G | 10.5% | 257.0 / 18.8 | 86 | A36A (GCG→GCC) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/38); new base G (6/3); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
CCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTT > NC_002947/3199303‑3199595 | ccccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGc > 2:851463/1‑150 (MQ=255)ccccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATC‑GCTGCGGCa > 1:1061863/1‑150 (MQ=255)ccccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGAACTTGTGGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGc > 1:523256/1‑150 (MQ=255) ccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAg > 2:2055470/1‑150 (MQ=255) ccGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑Ga < 1:1533010/150‑1 (MQ=255) cGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GAt < 1:2052613/150‑1 (MQ=255) aTTCCGGCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTc < 1:704518/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCCGTCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTc < 1:851463/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTc < 2:1061863/150‑1 (MQ=255) cgccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCg < 1:2071839/150‑1 (MQ=255) ccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCggg > 2:1543561/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCggg > 2:1140249/1‑150 (MQ=255) cgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgt < 1:1342913/150‑1 (MQ=255) gTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGCCTAGCTGAGATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgtg < 2:919043/150‑1 (MQ=255) cTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTgg < 1:1653676/150‑1 (MQ=255) gtTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCANGtt < 2:1514474/150‑1 (MQ=255) gCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcg > 1:452158/1‑150 (MQ=255) cAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgc < 1:2037091/150‑1 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCTCTGTGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgcg > 2:189904/1‑150 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgcg > 1:1800741/1‑150 (MQ=255) aCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGTCTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTACGCGa > 1:322363/1‑150 (MQ=255) aTTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCa > 1:1435236/1‑150 (MQ=255) ttgCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTTCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCGACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCtt > 1:1747898/1‑150 (MQ=255) cATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGt > 2:1743285/1‑150 (MQ=255) aTGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAAGCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTg < 1:997769/150‑1 (MQ=255) ttGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCTCGATCACCTTCACGGTGGcc > 2:1764372/1‑150 (MQ=255) gATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTc < 2:2031615/150‑1 (MQ=255) tCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGa < 1:2055470/150‑1 (MQ=255) ggACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa < 1:2317288/150‑1 (MQ=255) gACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa > 2:1591280/1‑149 (MQ=255) gACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa < 1:1591280/149‑1 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcc > 2:2184865/1‑150 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcc > 2:1678764/1‑150 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg > 1:1027956/1‑88 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |