| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,250,804 | T→A | 6.6% | V49E (GTG→GAG) | ureJ → | urease accessory protein UreJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,250,804 | 0 | T | A | 6.6% | 319.2 / 10.6 | 107 | V49E (GTG→GAG) | ureJ | urease accessory protein UreJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/46); new base A (3/4); total (57/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AAAAGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGG > NC_002947/3250663‑3250953 | aaaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccg > 2:1086200/1‑150 (MQ=255) aaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccgc > 1:104293/1‑150 (MQ=255) aaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccgc < 2:2154877/150‑1 (MQ=255) 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aCCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCGACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCg > 1:1353767/1‑105 (MQ=255) ccTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCAc > 2:1473953/1‑109 (MQ=255) ccTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCAc < 1:1473953/109‑1 (MQ=255) ccTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCgt > 1:1674446/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCgt < 1:995932/150‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCgct > 2:1734027/1‑150 (MQ=255) tgctgGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGGGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCactgctcg > 2:502938/1‑148 (MQ=255) gctgGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCtggt < 2:1890743/150‑1 (MQ=255) acgcGGCGAGCACGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGc > 1:2084596/4‑150 (MQ=255) ggCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGAtgt < 1:1344589/101‑1 (MQ=255) ggCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGAtgt > 2:1344589/1‑101 (MQ=255) cGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGc < 2:2386743/150‑1 (MQ=255) tGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCgg > 2:337631/1‑150 (MQ=255) | AAAAGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGG > NC_002947/3250663‑3250953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |