| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,283 | C→G | intergenic (+474/+278) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,283 | 0 | C | G | 86.4% | 58.7 / 1.2 | 22 | intergenic (+474/+278) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (8/11); total (9/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCC > NC_002947/4741169‑4741402 | cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:606017/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc > 1:574635/1‑150 (MQ=255) gATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcctc < 2:676023/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 2:746735/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGCATACCGGCAAGGCTCCGGGCGCCTTGGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:198887/150‑1 (MQ=255) agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTAAACTGGGTATAGGTCCACCAATGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCTTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc > 2:747864/1‑150 (MQ=255) aCGGAGTAACGGGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAAATGGGGATAGGTGCAGGTCGGGTGACCTTCGTGCGTGAG‑GAGCTTCT‑GCGAAT‑TGCATTCGTGAATGCAGGCAA‑AGGCACCGGACACGTCCTCCTTGAGCGCCTCGACGTTg > 2:131033/1‑150 (MQ=255) aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:103475/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 1:439807/1‑150 (MQ=255) gCCATGGCGTTAAGAAGTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGGGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 1:825562/150‑1 (MQ=255) cATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTc < 2:41563/150‑1 (MQ=255) tGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt > 2:679857/1‑150 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcgc < 1:696581/98‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcgc > 2:696581/1‑98 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg > 2:825541/1‑150 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa < 1:862623/78‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa > 2:862623/1‑78 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa > 2:273619/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:726998/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:679857/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCT‑TCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 1:273619/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGC‑TTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc < 2:574635/150‑1 (MQ=255) | CGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACC‑TCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCC > NC_002947/4741169‑4741402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |