| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,502,962:1 | +T | 13.9% | coding (547/1380 nt) | xanP → | xanthine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,502,962 | 1 | . | T | 13.9% | 109.6 / 16.1 | 36 | coding (547/1380 nt) | xanP | xanthine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/16); new base T (3/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
CGGGCTCGTTCGTCGAGATGGGCGTGTCGCGCATCCTGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATGCGCTGGCCGGA > NC_002947/4502813‑4503111 | cgGGCTCGTTCGTCGAGATGGGCGTGTCGCGCATCCTGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCa < 1:462768/150‑1 (MQ=255) gagaTGGGCGTGTCGCGCATCCTGTCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TTGGCCATGGCAcc < 2:974910/150‑1 (MQ=255) tGGGCGTGTCGCGCATCCTGCCCTTCGTCACACGGATGTTGACCCCGCTTGTGTCTGGCATCGTGGTGTTGATGAGTGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTg < 1:247841/150‑1 (MQ=255) gtCGCGCATCCTGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATgg < 1:924806/150‑1 (MQ=255) cgcgCATCCTGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCg < 2:139336/150‑1 (MQ=255) tGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACctgc < 2:306036/150‑1 (MQ=255) tGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTAACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGACAACctgc > 2:360685/1‑150 (MQ=255) tCAAACGCCTGCTCACCCCGCTGTTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAACGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCgg < 1:228303/150‑1 (MQ=255) gCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTAGGTGCCATTGGCC‑ATGGCAccaaa < 1:1071449/116‑4 (MQ=255) gCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTAGGTGCCATTGGCC‑ATGGCAccaaa > 2:1071449/1‑113 (MQ=255) tCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTgg < 2:247578/150‑1 (MQ=255) cccGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCATTGGCC‑ATGGCAccaaa > 1:448107/1‑103 (MQ=255) cccGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TTGGCCATGGCAccaaa < 2:448107/106‑4 (MQ=255) gtTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACctgc > 1:102878/1‑101 (MQ=255) gtTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACctgc < 2:102878/101‑1 (MQ=255) gatgatCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCggt > 1:714684/1‑150 (MQ=255) atCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGgtggtg > 2:691160/1‑150 (MQ=255) ccTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGAt > 1:681068/1‑150 (MQ=255) gCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGGGGGGTGGATGCGCAg > 1:1076129/1‑150 (MQ=255) aTCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATAGCAGGTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTgc > 1:850595/1‑150 (MQ=255) 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1:573458/1‑127 (MQ=255) gCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCg < 1:760838/98‑1 (MQ=255) gCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCg > 2:760838/1‑98 (MQ=255) tttGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCAt < 1:809406/128‑1 (MQ=255) tttGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCAt > 2:809406/1‑128 (MQ=255) ttGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATgcgc < 1:763265/150‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGGCC‑ATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCggtggt < 1:390076/98‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGGCC‑ATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCggtggt > 2:390076/1‑98 (MQ=255) gCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATGCGCTGGcc < 1:546536/150‑1 (MQ=255) ccA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCCGTCCCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATGCGCTGGCCg > 1:705118/1‑150 (MQ=255) ccA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTa < 2:922915/84‑1 (MQ=255) ccA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGAACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTa > 1:922915/1‑84 (MQ=255) a‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATGCGCTGGCCGGa > 1:115576/1‑150 (MQ=255) | CGGGCTCGTTCGTCGAGATGGGCGTGTCGCGCATCCTGCCCTTCGTCAAACGCCTGATCACCCCGCTGGTGACTGGCATCGTGGTGTTGATGATCGGCCTGACGCTGATCAAGGTCGGCCTGATCAGCATGGGCGGTGGCTTTGGTGCCA‑TGGCCAATGGCACCTTTGCCAATGGCGAAAACCTGCTGATGTCGGGCGTGGTACTGGCGATCATCGTCGTTCTCAACCGTATCCCGGTGGTGTGGATGCGCAGCTGCGCCATCGTCATCGCCCTGGCGGTCGGCTATGCGCTGGCCGGA > NC_002947/4502813‑4503111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |