| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,127,705:1 | +T | 8.7% | coding (236/909 nt) | PP_5375 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,127,705 | 1 | . | T | 8.7% | 172.4 / 10.5 | 46 | coding (236/909 nt) | PP_5375 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/24); new base T (2/2); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
GCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAAT > NC_002947/6127562‑6127851 | gCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑gcatgc > 1:644621/1‑150 (MQ=255)gCAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑gcatgc > 2:1066622/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCTTATATCGCCGGTGGCGCGAGAAAGGTGAA‑gcatgca < 1:38409/150‑1 (MQ=255) 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caGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACACACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACg > 1:397447/1‑150 (MQ=255) aGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACgg < 2:644621/150‑1 (MQ=255) cGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGAGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGggt < 2:125784/150‑1 (MQ=255) ggCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGt < 2:82730/150‑1 (MQ=255) ggTACTGGTGGCAACGGTGATTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGTGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGaa < 2:564651/150‑1 (MQ=255) 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tataTCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTa < 1:575041/88‑1 (MQ=255) tatacGCCAGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATg > 2:303881/5‑84 (MQ=255) tatacGCCAGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATg < 1:303881/80‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAAtt < 1:687900/150‑1 (MQ=255) gcgGGACAGGTGAA‑GCATGCAGTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGt > 2:620176/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACAt > 1:293685/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |