| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 721260 | 16 (0.370) | 15 (0.350) | 9/248 | NT | 49.0% | intergenic (‑62/+45) | PP_0614/PP_0615 | bifunctional N‑carbamoyl‑beta‑alanine amidohydrolase/allantoine amidohydrolase/ABC transporter ATP‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 3826654 = | NA (NA) | intergenic (‑566/+37) | ptxS/PP_3381 | 2‑ketogluconate utilization repressor/transposase | |||||
GGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCGGCCCTGCTCCAGCACATAGTGGCG > NC_002947/721111‑721409 | gcattgggaaccatagcaaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatctc > 2:1018905‑M1/148‑150 (MQ=255)gcattgggaaccatagcaaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatctc < 1:793043‑M1/3‑1 (MQ=255) tCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCGCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtc < 2:98197‑M1/150‑3 (MQ=255) attgggaaccatagcaaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCt > 1:870460‑M1/146‑150 (MQ=255) ttgggaaccatagcaaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTa > 1:360774‑M1/145‑150 (MQ=255) tCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACaa > 2:1103192/1‑150 (MQ=255) gaaccatagcaaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACaaa < 1:404177‑M1/10‑1 (MQ=255) cAATGATTGCAACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACaaa < 1:1017778/150‑1 (MQ=255) tGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaat < 2:377167‑M1/150‑15 (MQ=255) tGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaat < 2:1037855‑M1/150‑15 (MQ=255) tGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTgg < 1:287407/150‑1 (MQ=255) tGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTgg < 1:812436/150‑1 (MQ=255) caaagtattcggcggctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatcccacttcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCa > 1:74491‑M1/132‑150 (MQ=255) acaGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGTTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGt < 1:198870/150‑1 (MQ=255) tCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTa > 1:236752/1‑150 (MQ=255) ctctgacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctcactggcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAg > 1:561033‑M1/119‑150 (MQ=255) gacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatctc < 2:785529‑M1/3‑1 (MQ=255) gacctacccggatcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatctc > 1:785529‑M1/115‑117 (MQ=255) tcagtcggcgaatgcttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGt > 2:639723‑M1/103‑150 (MQ=255) agtcggcgaatgcttttctaggtctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCa > 1:544009‑M1/101‑150 (MQ=255) cGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccacca < 1:615356‑M1/150‑52 (MQ=255) gTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAggg > 2:458750/1‑150 (MQ=255) ttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAg < 2:733052‑M1/32‑1 (MQ=255) ttttctagatctcgatgtcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAg > 1:733052‑M1/88‑119 (MQ=255) 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tcagtgcagatctgacgtcatgcgcatcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGAt > 1:1126127‑M1/71‑150 (MQ=255) gTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTc > 2:437456/1‑150 (MQ=255) cATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttcc > 1:97265‑M1/1‑58 (MQ=255) cATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttcc < 2:97265‑M1/127‑70 (MQ=255) cTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGTCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTgcg > 1:471577/1‑150 (MQ=255) atcctgtttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGcgcc > 2:404177‑M1/46‑150 (MQ=255) aaaTTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCtcatcaaacaaactgcaacccattcgtttctaagcacgcaagcgacgaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtc > 2:1052300‑M1/1‑47 (MQ=255) tttgctgtgcgacagcgcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCActc < 1:839424‑M1/111‑2 (MQ=255) cTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcac > 1:504241‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcac < 2:504241‑M1/70‑38 (MQ=255) tACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGt < 1:964755/99‑1 (MQ=255) tACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGt > 2:964755/1‑99 (MQ=255) gcagcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGAcgc < 2:300090‑M1/127‑1 (MQ=255) agcccggaagggctgggtgatCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCgg > 1:788038‑M1/22‑150 (MQ=255) tATTCGCGGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaa > 2:449125‑M1/1‑21 (MQ=255) cgGGTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagacctt < 1:489986‑M1/150‑136 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttg < 1:909432‑M1/150‑137 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaag > 2:755116‑M1/1‑14 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaag < 1:755116‑M1/96‑83 (MQ=255) aagccgctCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaa > 1:160542‑M1/4‑9 (MQ=255) aaCCCGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaa < 2:246564‑M1/150‑142 (MQ=255) cccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaaca > 1:511535‑M1/1‑7 (MQ=255) cccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggc < 2:927298‑M1/115‑109 (MQ=255) cccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggc > 1:927298‑M1/1‑7 (MQ=255) cccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtct < 2:976134‑M1/111‑105 (MQ=255) cccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtct > 1:976134‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagc < 1:580055‑M1/89‑84 (MQ=255) ccGCTCtcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagc > 2:580055‑M1/1‑6 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCGGCCCTGCTCCAGCACATAg > 2:932581/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCGGCCCTGCTCCAGCACATAGTg < 1:315601/150‑1 (MQ=255) tctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgctaccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaacataagc < 1:839293‑M1/150‑149 (MQ=255) tctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaacataagc < 1:1017762‑M1/150‑149 (MQ=255) tctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaacataagc < 1:39222‑M1/150‑149 (MQ=255) tctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaacataagc < 1:293572‑M1/150‑149 (MQ=255) TCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCCCGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTATTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCGGCCCTGCTCCAGCACATAGTGGc > 1:353095‑M1/1‑150 (MQ=255) ctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaagcaaagcccggacctgccggtcttggcttctggcttcgaactcctcaagaccttgttcaacataagcc > 2:1017002‑M1/1‑1 (MQ=255) ctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaa > 2:28898‑M1/1‑1 (MQ=255) ctcatcaaacaaaatgcaacccattgttttctaagcactcaagcggccaccagttgataccccagtttccgggctttgcgaa < 1:28898‑M1/82‑82 (MQ=255) | GGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAATTACTGGGTTGCTTGTACCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGCAGTGGCCGGTACAGGTAAGCACGGTCGGGTCAGGCGCTAAGGGCCAGGTAACGGTTCTTGATGCTCGGGTCCTCGCGGAACTGCGCCGCACTGCCCTGGTAAGCGACGCGGCCCTGCTCCAGCACATAGTGGCG > NC_002947/721111‑721409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |