New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1506420 | 49 (1.130) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 5.7% | coding (312/780 nt) | petC | ubiquinol‑‑cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit |
? | NC_002947 | = 1506462 | 52 (1.250) | coding (354/780 nt) | petC | ubiquinol‑‑cytochrome c reductase cytochrome c1 subunit |
TATCCCGCATGAACTGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGGTGGTGGGTTGC > NC_002947/1506315‑1506600 | tATCCCGCATGAACTGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTTACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTac > 1:74870‑M2/1‑148 (MQ=255) ccGCATGAACTGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGAt > 1:471075/1‑150 (MQ=255) cGCATGAACGGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGAtt > 2:924639/1‑150 (MQ=255) tGAACTGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTAGGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCAATTGGCt > 2:323536/1‑150 (MQ=255) gATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCAAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTacac < 2:141323/150‑1 (MQ=255) gagaAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCCGATTCATAGCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTg > 1:693948/1‑150 (MQ=255) gagaAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTa > 1:752044/1‑140 (MQ=255) gagaAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTa < 2:752044/140‑1 (MQ=255) aGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCa < 1:45413/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGtt > 1:763775/1‑150 (MQ=255) gtgtTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTc < 1:1067181/150‑1 (MQ=255) gtTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTa < 2:471075/150‑1 (MQ=255) cacaGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGa < 1:756163/150‑1 (MQ=255) caGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAgg < 2:212871/150‑1 (MQ=255) aGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGa < 2:746199/150‑1 (MQ=255) ggTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGAc < 1:376359/150‑1 (MQ=255) ccAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCAt < 1:275576/150‑1 (MQ=255) gTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCtt > 2:107626/1‑150 (MQ=255) acaccaTGCAGAAAGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATg > 2:739349/5‑150 (MQ=255) cacaTGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTa > 1:487915‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaTGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTa < 2:487915‑M2/91‑2 (MQ=255) acaTGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATgggg > 1:486903/1‑150 (MQ=255) aTGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACacctacct < 2:505323/110‑1 (MQ=255) aTGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACacctacct > 1:505323/1‑110 (MQ=255) tGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTaca < 1:858515/102‑1 (MQ=255) tGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTaca > 2:858515/1‑102 (MQ=255) aTCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTac > 2:325333/1‑96 (MQ=255) aTCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTac < 1:325333/96‑1 (MQ=255) tCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAacaaca > 2:838203/1‑150 (MQ=255) cGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAAcaacaa < 1:107626/150‑1 (MQ=255) ggTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAg < 1:924639/150‑1 (MQ=255) gTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAgg > 2:617718/1‑150 (MQ=255) gTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAgg > 2:847520/1‑150 (MQ=255) tATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTGCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGAGTGGCTTTACACCTACCCGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCGTATGGGTTGCAcaacaaacg > 2:516052/1‑147 (MQ=255) gCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACAACTACCTGCGCAGATTCTATAAGGACCCAACCCTCGCTTATAGGGTGAACAACAAGGTATTcac > 2:456570/1‑148 (MQ=255) aCGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTg < 1:91291/150‑1 (MQ=255) ccAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCa > 1:124940/1‑150 (MQ=255) ccAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCa > 1:1015861/1‑150 (MQ=255) cAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCAt > 1:592686/1‑150 (MQ=255) cAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCAt > 1:506979/1‑150 (MQ=255) cTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTaccgaaccaggtcttggcgtcgctgggcttcataccgatctgcatgtggtcaccgatcttggcacctgtgaacaccagcttctcgagcatcagttcat < 2:1139‑M2/150‑99 (MQ=255) cTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAg < 2:767320/124‑1 (MQ=255) cTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAg > 1:767320/1‑124 (MQ=255) tGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTaccgaaccaggtcttggcgtcgctgggcttcataccgatctgcatgtg > 1:686134‑M2/1‑51 (MQ=255) tGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTaccgaaccaggtcttggcgtcgctgggcttcataccgatctgcatgtg < 2:686134‑M2/99‑49 (MQ=255) gTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCACTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGt < 2:486903/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATggg < 2:1011656/104‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATggg > 1:1011656/1‑104 (MQ=255) gcgcCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGt > 2:449186/1‑150 (MQ=255) cccGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCaa < 1:739349/150‑1 (MQ=255) cTGACACGGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTGCACCACTCGGCGCAGTTTCGATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAAc < 2:738255/150‑1 (MQ=255) tGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACAGCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAAcc > 2:159792/1‑150 (MQ=255) tGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGc < 2:1126107/120‑1 (MQ=255) tGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGc > 1:1126107/1‑120 (MQ=255) acTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGcc < 1:981480/117‑1 (MQ=255) acTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGcc > 2:981480/1‑117 (MQ=255) gTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGgtggtg < 2:40933/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTACCGAACTTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGgtggtg < 1:577183/150‑1 (MQ=255) cccGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGGTGCTGGGtt < 2:592686/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGGTGGTGGGTTGc < 1:449186/150‑1 (MQ=255) | TATCCCGCATGAACTGATGCTCGAGAAGCTGGTGTTCACAGGTGCCAAGATCGGTGACCACATGCAGATCGGTATGAAGCCCAGCGACGCCAAGACCTGGTTCGGTGCTGCGCCGCCCGACCTGACACTGGTCGCCCGCGTGCGCGGTACCGATTGGCTTTACACCTACCTGCGCAGTTTCTATGAGGACCCATCCCGCCCTTATGGGGTGAACAACAAGGTATTCCCGAACGTTGGCATGCCTAACGTGCTGGTGGGTCTGCAAGGTAACCAGGTGGTGGGTTGC > NC_002947/1506315‑1506600 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |